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BiocParallel fail to start with MPI

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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
25/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
技術スタック
r
領域
distributed-systems

調査の方向性

Start with the reported foo.R script and compare the interactive mpiexec -np 1 R invocation with the sbatch command using mpiexec -np 1 Rscript foo.R. Read the SnowParam MPI configuration and Rmpi startup behavior, then reproduce the MPI_INIT timeout in the batch environment. Done means identifying the cause of the differing startup behavior and documenting a verified resolution.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hello Everyone,
We are having trouble running BiocParallel within our SLURM cluster environment.

The foo.R script we are trying to run is

library("BiocParallel")
library("Rmpi")

param <- SnowParam(workers = 3, type = "MPI")
FUN <- function(i) system("hostname", intern=TRUE)
bplapply(1:6, FUN, BPPARAM = param)

If we request an interactive job allocation, for example with salloc -p mpi -N 2 -n 4 -t 1:00:00 and then start R with:
mpiexec -np 1 R --no-save and run the above script from this interactive shell we have as expected:

> library("BiocParallel")
library("BiocParallel")
> library("Rmpi")
library("Rmpi")
> param <- SnowParam(workers = 3, type = "MPI")
param <- SnowParam(workers = 3, type = "MPI")
> FUN <- function(i) system("hostname", intern=TRUE)
FUN <- function(i) system("hostname", intern=TRUE)
> bplapply(1:6, FUN, BPPARAM = param)
bplapply(1:6, FUN, BPPARAM = param)
	3 slaves are spawned successfully. 0 failed.
[[1]]
[1] "compute-a-16-21"

[[2]]
[1] "compute-a-16-21"

[[3]]
[1] "compute-a-16-22"

[[4]]
[1] "compute-a-16-22"

[[5]]
[1] "compute-a-16-22"

[[6]]
[1] "compute-a-16-22"

However if we try to run the same R script from within a sbatch job with:

#!/bin/bash

#SBATCH -p mpi
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 4
#SBATCH -t 2:00:00

mpiexec -np 1 Rscript foo.R  # or R CMD BATCH foo.R

The execution hangs for several seconds and eventually fails with the MPI error:

[compute-a-16-21:10780] OPAL ERROR: Timeout in file base/pmix_base_fns.c at line 193
--------------------------------------------------------------------------
It looks like MPI_INIT failed for some reason; your parallel process is
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
fail during MPI_INIT; some of which are due to configuration or environment
problems.  This failure appears to be an internal failure; here's some
additional information (which may only be relevant to an Open MPI
developer):

  ompi_dpm_dyn_init() failed
  --> Returned "Timeout" (-15) instead of "Success" (0)
--------------------------------------------------------------------------
*** An error occurred in MPI_Init
*** on a NULL communicator
*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
***    and potentially your MPI job)

Does anyone have any idea of why the primary R process is failing to start the other tasks?

Thank you
Raffaele

主要言語
R
スター
69
フォーク
32
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