AllenInstitute/bmtk

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• How to download AI CTDB models with AllenSDK

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

  AllenInstitute/bmtk#468 · 2026年8月5日 に作成

• tau_syn_basis and weight coefficients for TF synapses

  再び着手できるかも @shixnya が 95 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  AllenInstitute/bmtk#463 · 担当者 1 名 · 2026年6月24日 に作成

• Independent reproducibility/transparency evaluation of BMTK — feedback welcome

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AllenInstitute/bmtk#457 · 2026年6月14日 に作成

• Jupyter notebook tutorial for the V1 model

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  AllenInstitute/bmtk#448 · 2026年4月23日 に作成

• Allow different parameters for different nodes in extracellular stimulation in BioNet

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

  AllenInstitute/bmtk#447 · 2026年4月22日 に作成

• OverflowError when setting negative synaptic weight PointNet

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  AllenInstitute/bmtk#439 · 2025年9月18日 に作成

• Consolidate tutorials

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  AllenInstitute/bmtk#435 · 2025年8月18日 に作成

• Feature: Implementation of Bazhenov Sleep Transition Model

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  bug enhancement

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  AllenInstitute/bmtk#434 · コメント 1 件 · 2025年7月30日 に作成

• Unable to provide fast (eg dt=0.1) timestamps for amplitude injection

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

  AllenInstitute/bmtk#429 · コメント 2 件 · 2025年6月7日 に作成

• Complete beginner tutorial

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  AllenInstitute/bmtk#423 · 2025年3月19日 に作成

• How to reference gap junctions in the configuration file

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  AllenInstitute/bmtk#415 · 2025年3月5日 に作成

• Mismatch between stimulation node and node id with current_clamp

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  AllenInstitute/bmtk#405 · コメント 2 件 · 2025年2月21日 に作成

• Ability to assign cells to different processes using their gids

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  AllenInstitute/bmtk#384 · コメント 2 件 · 2024年9月10日 に作成

• Cannot simulate PointNet network with custom set_syn_weight function

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  AllenInstitute/bmtk#381 · 2024年8月27日 に作成

• Cannot rebuild network for V1 models

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  AllenInstitute/bmtk#380 · コメント 1 件 · 2024年8月2日 に作成

• Cannot set glif_cond model parameters in PointNet

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  AllenInstitute/bmtk#376 · 2024年6月27日 に作成

• Many examples won't work if config file is not specified in Python 3.9+

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  AllenInstitute/bmtk#374 · コメント 2 件 · 2024年6月25日 に作成

• PointNet Synapse Dynamics params receptor type referring to proximal dendrite

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  AllenInstitute/bmtk#373 · 2024年6月20日 に作成

• Assigning Individual cell model configuration file to each node of a population

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  AllenInstitute/bmtk#371 · 2024年6月5日 に作成

• Confusing time stamps in TemporalFilter imshow function

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  AllenInstitute/bmtk#370 · 2024年6月4日 に作成

• Refer to NEST models and NESTML

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  AllenInstitute/bmtk#363 · コメント 6 件 · 2024年4月29日 に作成

• Extracting synapses placement along depth axis

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  AllenInstitute/bmtk#344 · コメント 2 件 · 2023年12月22日 に作成

• The support of GPU

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  AllenInstitute/bmtk#343 · コメント 2 件 · 2023年12月18日 に作成

• Synapse location

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  AllenInstitute/bmtk#342 · 2023年12月18日 に作成

• FilterNet: Changing the location of nondominant filter also changes the location of dominant filter in class "TwoSubfieldLinearCell" of "cellmodel.py" in bmtk

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  AllenInstitute/bmtk#339 · コメント 2 件 · 2023年11月7日 に作成

• "TwoSubfieldLinearCell" saves the dominant_filter amplitude for nondominant_filter unit

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 65/100

  AllenInstitute/bmtk#337 · 2023年11月2日 に作成

• Merge tutorials (workshop and regular)

  再び着手できるかも @LHGreen が 767 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  AllenInstitute/bmtk#336 · 担当者 1 名 · 2023年11月1日 に作成

• The cosine bump basis functions used in FilterNet seem to be different from the formula in Pillow et.al. J Neurosci 2005

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  AllenInstitute/bmtk#334 · 2023年11月1日 に作成

• Using bionet iclamp with MPI fails due to accessing cells not on rank

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  AllenInstitute/bmtk#331 · 2023年10月4日 に作成

• tutorial 5 os.geteuid nest root access error

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  AllenInstitute/bmtk#329 · 2023年9月23日 に作成

• tutorial 1 step 2 compiling error

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  AllenInstitute/bmtk#328 · 2023年9月23日 に作成

• Problem importing bmtk.analyzer.compartment

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  AllenInstitute/bmtk#327 · コメント 2 件 · 2023年9月20日 に作成

• Installing from source via pip

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  難易度 1/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

  AllenInstitute/bmtk#326 · 2023年9月20日 に作成

• Load from h5.

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  AllenInstitute/bmtk#324 · 2023年9月17日 に作成

• Likely invalid example in the docs

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  難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 50/100

  AllenInstitute/bmtk#323 · 2023年9月16日 に作成

• Contact link broken

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  AllenInstitute/bmtk#322 · 2023年9月16日 に作成

• ECP module not recording consistently

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  AllenInstitute/bmtk#321 · 2023年9月7日 に作成

• report for computing population-resolved ecp and average membrane potentials

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  AllenInstitute/bmtk#312 · コメント 4 件 · 2023年6月30日 に作成

• Core neuron support?

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  AllenInstitute/bmtk#282 · コメント 2 件 · 2023年1月21日 に作成

• Tutorial 1 step 3

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  AllenInstitute/bmtk#208 · コメント 2 件 · 2022年3月28日 に作成

• Example CSV for Custom Input Waveform

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  AllenInstitute/bmtk#207 · 2022年3月17日 に作成

• 05_pointnet_modeling.ipynb gives error "Exception: Could not find any network files. Unable to build network."

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  AllenInstitute/bmtk#184 · コメント 13 件 · 2021年9月18日 に作成

• Spike input from real neurons

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  AllenInstitute/bmtk#183 · コメント 1 件 · 2021年9月18日 に作成

• Formatting error in docs

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  AllenInstitute/bmtk#177 · 2021年7月21日 に作成

• Support for using NEURON's multisplit() ?

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  AllenInstitute/bmtk#173 · 2021年5月18日 に作成

• VirtualCell set_stim fails when spikes is a list

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  AllenInstitute/bmtk#163 · 2021年3月10日 に作成

• build_env_bionet fails when config_file is not explicitly provided

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  AllenInstitute/bmtk#162 · コメント 1 件 · リアクション 2 件 · 2021年2月17日 に作成

• Tutorial 05 fails on Analysis (no spikes?)

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  AllenInstitute/bmtk#160 · コメント 1 件 · 2021年1月23日 に作成

• The tests and pycache are packaged

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

  AllenInstitute/bmtk#153 · 2020年12月17日 に作成

• Single-compartment Bionet cells

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  AllenInstitute/bmtk#152 · 2020年12月4日 に作成