AllenInstitute/bmtk

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• How to download AI CTDB models with AllenSDK

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  AllenInstitute/bmtk#468 · Aperta il 5/8/2026

• tau_syn_basis and weight coefficients for TF synapses

  Forse di nuovo libera @shixnya l’ha presa 97 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  AllenInstitute/bmtk#463 · 1 assegnatario · Aperta il 24/6/2026

• Independent reproducibility/transparency evaluation of BMTK — feedback welcome

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  AllenInstitute/bmtk#457 · Aperta il 14/6/2026

• Jupyter notebook tutorial for the V1 model

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  AllenInstitute/bmtk#448 · Aperta il 23/4/2026

• Allow different parameters for different nodes in extracellular stimulation in BioNet

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  AllenInstitute/bmtk#447 · Aperta il 22/4/2026

• OverflowError when setting negative synaptic weight PointNet

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  AllenInstitute/bmtk#439 · Aperta il 18/9/2025

• Consolidate tutorials

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  AllenInstitute/bmtk#435 · Aperta il 18/8/2025

• Feature: Implementation of Bazhenov Sleep Transition Model

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  bug enhancement

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  AllenInstitute/bmtk#434 · 1 commento · Aperta il 30/7/2025

• Unable to provide fast (eg dt=0.1) timestamps for amplitude injection

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  AllenInstitute/bmtk#429 · 2 commenti · Aperta il 7/6/2025

• Complete beginner tutorial

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  AllenInstitute/bmtk#423 · Aperta il 19/3/2025

• How to reference gap junctions in the configuration file

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  AllenInstitute/bmtk#415 · Aperta il 5/3/2025

• Mismatch between stimulation node and node id with current_clamp

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  AllenInstitute/bmtk#405 · 2 commenti · Aperta il 21/2/2025

• Ability to assign cells to different processes using their gids

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  AllenInstitute/bmtk#384 · 2 commenti · Aperta il 10/9/2024

• Cannot simulate PointNet network with custom set_syn_weight function

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  AllenInstitute/bmtk#381 · Aperta il 27/8/2024

• Cannot rebuild network for V1 models

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  AllenInstitute/bmtk#380 · 1 commento · Aperta il 2/8/2024

• Cannot set glif_cond model parameters in PointNet

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  AllenInstitute/bmtk#376 · Aperta il 27/6/2024

• Many examples won't work if config file is not specified in Python 3.9+

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  AllenInstitute/bmtk#374 · 2 commenti · Aperta il 25/6/2024

• PointNet Synapse Dynamics params receptor type referring to proximal dendrite

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  AllenInstitute/bmtk#373 · Aperta il 20/6/2024

• Assigning Individual cell model configuration file to each node of a population

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  AllenInstitute/bmtk#371 · Aperta il 5/6/2024

• Confusing time stamps in TemporalFilter imshow function

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  AllenInstitute/bmtk#370 · Aperta il 4/6/2024

• Refer to NEST models and NESTML

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  AllenInstitute/bmtk#363 · 6 commenti · Aperta il 29/4/2024

• Extracting synapses placement along depth axis

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  AllenInstitute/bmtk#344 · 2 commenti · Aperta il 22/12/2023

• The support of GPU

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  AllenInstitute/bmtk#343 · 2 commenti · Aperta il 18/12/2023

• Synapse location

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  AllenInstitute/bmtk#342 · Aperta il 18/12/2023

• FilterNet: Changing the location of nondominant filter also changes the location of dominant filter in class "TwoSubfieldLinearCell" of "cellmodel.py" in bmtk

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  AllenInstitute/bmtk#339 · 2 commenti · Aperta il 7/11/2023

• "TwoSubfieldLinearCell" saves the dominant_filter amplitude for nondominant_filter unit

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  AllenInstitute/bmtk#337 · Aperta il 2/11/2023

• Merge tutorials (workshop and regular)

  Forse di nuovo libera @LHGreen l’ha presa 769 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  AllenInstitute/bmtk#336 · 1 assegnatario · Aperta il 1/11/2023

• The cosine bump basis functions used in FilterNet seem to be different from the formula in Pillow et.al. J Neurosci 2005

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  AllenInstitute/bmtk#334 · Aperta il 1/11/2023

• Using bionet iclamp with MPI fails due to accessing cells not on rank

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  AllenInstitute/bmtk#331 · Aperta il 4/10/2023

• tutorial 5 os.geteuid nest root access error

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  AllenInstitute/bmtk#329 · Aperta il 23/9/2023

• tutorial 1 step 2 compiling error

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  AllenInstitute/bmtk#328 · Aperta il 23/9/2023

• Problem importing bmtk.analyzer.compartment

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  AllenInstitute/bmtk#327 · 2 commenti · Aperta il 20/9/2023

• Installing from source via pip

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  AllenInstitute/bmtk#326 · Aperta il 20/9/2023

• Load from h5.

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  AllenInstitute/bmtk#324 · Aperta il 17/9/2023

• Likely invalid example in the docs

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  AllenInstitute/bmtk#323 · Aperta il 16/9/2023

• Contact link broken

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  AllenInstitute/bmtk#322 · Aperta il 16/9/2023

• ECP module not recording consistently

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  AllenInstitute/bmtk#321 · Aperta il 7/9/2023

• report for computing population-resolved ecp and average membrane potentials

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  AllenInstitute/bmtk#312 · 4 commenti · Aperta il 30/6/2023

• Core neuron support?

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  AllenInstitute/bmtk#282 · 2 commenti · Aperta il 21/1/2023

• Tutorial 1 step 3

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  AllenInstitute/bmtk#208 · 2 commenti · Aperta il 28/3/2022

• Example CSV for Custom Input Waveform

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  AllenInstitute/bmtk#207 · Aperta il 17/3/2022

• 05_pointnet_modeling.ipynb gives error "Exception: Could not find any network files. Unable to build network."

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  AllenInstitute/bmtk#184 · 13 commenti · Aperta il 18/9/2021

• Spike input from real neurons

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  AllenInstitute/bmtk#183 · 1 commento · Aperta il 18/9/2021

• Formatting error in docs

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  AllenInstitute/bmtk#177 · Aperta il 21/7/2021

• Support for using NEURON's multisplit() ?

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  AllenInstitute/bmtk#173 · Aperta il 18/5/2021

• VirtualCell set_stim fails when spikes is a list

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  AllenInstitute/bmtk#163 · Aperta il 10/3/2021

• build_env_bionet fails when config_file is not explicitly provided

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  AllenInstitute/bmtk#162 · 1 commento · 2 reazioni · Aperta il 17/2/2021

• Tutorial 05 fails on Analysis (no spikes?)

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  AllenInstitute/bmtk#160 · 1 commento · Aperta il 23/1/2021

• The tests and pycache are packaged

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  AllenInstitute/bmtk#153 · Aperta il 17/12/2020

• Single-compartment Bionet cells

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  AllenInstitute/bmtk#152 · Aperta il 4/12/2020