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[data request] figshare brain tumor dataset

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  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python, tensorflow
Ambito
data, machine-learning

Direzione di ricerca

Leggi prima docs/add_dataset.md, quindi esamina il dataset Figshare al DOI collegato e verifica la relativa licenza CC BY 4.0 e la struttura dei dati MATLAB. Il lavoro è considerato completato quando il brain tumor dataset è stato contribuito a tensorflow/datasets con le relative immagini, etichette, ID dei pazienti, bordi dei tumori, maschere e indici di cross-validation rappresentati in modo appropriato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

dataset request
  • Name of dataset: Figshare brain tumor dataset
  • URL of dataset: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.1512427.v5
  • License of dataset: CC BY 4.0
  • Short description of dataset and use case(s): 3064 T1-weighted contrast-inhanced images from 233 patients with three kinds of brain tumor: meningioma (708 slices), glioma (1426 slices), and pituitary tumor (930 slices).

This brain tumor dataset containing 3064 T1-weighted contrast-inhanced images
from 233 patients with three kinds of brain tumor: meningioma (708 slices),
glioma (1426 slices), and pituitary tumor (930 slices). Due to the file size
limit of repository, we split the whole dataset into 4 subsets, and achive
them in 4 .zip files with each .zip file containing 766 slices.The 5-fold
cross-validation indices are also provided.

This data is organized in matlab data format (.mat file). Each file stores a struct
containing the following fields for an image:

cjdata.label: 1 for meningioma, 2 for glioma, 3 for pituitary tumor
cjdata.PID: patient ID
cjdata.image: image data
cjdata.tumorBorder: a vector storing the coordinates of discrete points on tumor border.
For example, [x1, y1, x2, y2,...] in which x1, y1 are planar coordinates on tumor border.
It was generated by manually delineating the tumor border. So we can use it to generate
binary image of tumor mask.
cjdata.tumorMask: a binary image with 1s indicating tumor region

This data was used in the following paper:

  1. Cheng, Jun, et al. "Enhanced Performance of Brain Tumor Classification via Tumor Region Augmentation
    and Partition." PloS one 10.10 (2015).
  2. Cheng, Jun, et al. "Retrieval of Brain Tumors by Adaptive Spatial Pooling and Fisher Vector
    Representation." PloS one 11.6 (2016). Matlab source codes are available on github
    https://github.com/chengjun583/brainTumorRetrieval

Jun Cheng
School of Biomedical Engineering
Southern Medical University, Guangzhou, China
Email: [email protected]

Folks who would also like to see this dataset in tensorflow/datasets, please thumbs-up so the developers can know which requests to prioritize.

And if you'd like to contribute the dataset (thank you!), see our guide to adding a dataset.

Lingua principale
Python
Stelle
4.6k
Fork
1.6k
Merge medio
5h 47m
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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