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Detect non-finite `log_lik` (`Inf` / `NaN`) and explicitely inform the user

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
68/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia dal punto di ingresso loo::loo() e traccia il percorso per individuare dove la matrice log_lik viene validata o passata a PSIS-LOO. Usa la matrice riproducibile contenente +Inf per verificare che i valori non finiti vengano segnalati chiaramente invece di produrre silenziosamente stime NA. Il lavoro è considerato completato quando il comportamento visibile all’utente identifica i valori log_lik non validi e l’esempio esistente non termina più senza fornire questa informazione.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Summary

If the pointwise log-likelihood matrix contains +Inf or NaN, loo::loo() currently completes without a clear error/warning and can return NA for elpd_loo.

Proposal

Before (or while) computing PSIS-LOO, check the log_lik matrix for non-finite values and message this clearly to the user.

Reproducible example

library(loo)

set.seed(1)
ll <- matrix(rnorm(400 * 20, -1, 0.5), 400, 20)
ll[1:5, 1] <- Inf
loo(ll)$estimates  # elpd_loo is NA; no clear message that log_lik had +Inf
#          Estimate SE
# elpd_loo       NA NA
# p_loo          NA NA
# looic          NA NA

Context

Seen with truncated-normal log_lik from brms, where the truncation normalizer can underflow:
https://discourse.mc-stan.org/t/difficulty-adding-loo-criterion-to-longitudinal-truncated-normal-model/41447/12

Corresponding brms Issue: https://github.com/paul-buerkner/brms/issues/1899

Lingua principale
R
Stelle
157
Fork
38
Merge medio
4g 16h
PR unite (30g)
2

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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