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Detect non-finite `log_lik` (`Inf` / `NaN`) and explicitely inform the user

Abierto
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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
68/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
r
Área
data

Línea de trabajo

Comienza en el punto de entrada loo::loo() y sigue el recorrido para determinar dónde se valida la matriz log_lik o se pasa a PSIS-LOO. Usa la matriz reproducible que contiene +Inf para verificar que los valores no finitos se informen claramente en lugar de producir silenciosamente estimaciones NA. Se considera terminado cuando el comportamiento visible para el usuario identifica los valores log_lik no válidos y el ejemplo existente ya no finaliza sin esa información.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Summary

If the pointwise log-likelihood matrix contains +Inf or NaN, loo::loo() currently completes without a clear error/warning and can return NA for elpd_loo.

Proposal

Before (or while) computing PSIS-LOO, check the log_lik matrix for non-finite values and message this clearly to the user.

Reproducible example

library(loo)

set.seed(1)
ll <- matrix(rnorm(400 * 20, -1, 0.5), 400, 20)
ll[1:5, 1] <- Inf
loo(ll)$estimates  # elpd_loo is NA; no clear message that log_lik had +Inf
#          Estimate SE
# elpd_loo       NA NA
# p_loo          NA NA
# looic          NA NA

Context

Seen with truncated-normal log_lik from brms, where the truncation normalizer can underflow:
https://discourse.mc-stan.org/t/difficulty-adding-loo-criterion-to-longitudinal-truncated-normal-model/41447/12

Corresponding brms Issue: https://github.com/paul-buerkner/brms/issues/1899

Lenguaje dominante
R
Estrellas
157
Forks
38
Merge medio
4 d 16 h
PR fusionados (30 d)
2

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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