Detect non-finite `log_lik` (`Inf` / `NaN`) and explicitely inform the user
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 68/100
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada loo::loo() y sigue el recorrido para determinar dónde se valida la matriz log_lik o se pasa a PSIS-LOO. Usa la matriz reproducible que contiene +Inf para verificar que los valores no finitos se informen claramente en lugar de producir silenciosamente estimaciones NA. Se considera terminado cuando el comportamiento visible para el usuario identifica los valores log_lik no válidos y el ejemplo existente ya no finaliza sin esa información.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Summary
If the pointwise log-likelihood matrix contains +Inf or NaN, loo::loo() currently completes without a clear error/warning and can return NA for elpd_loo.
Proposal
Before (or while) computing PSIS-LOO, check the log_lik matrix for non-finite values and message this clearly to the user.
Reproducible example
library(loo)
set.seed(1)
ll <- matrix(rnorm(400 * 20, -1, 0.5), 400, 20)
ll[1:5, 1] <- Inf
loo(ll)$estimates # elpd_loo is NA; no clear message that log_lik had +Inf
# Estimate SE
# elpd_loo NA NA
# p_loo NA NA
# looic NA NA
Context
Seen with truncated-normal log_lik from brms, where the truncation normalizer can underflow:
https://discourse.mc-stan.org/t/difficulty-adding-loo-criterion-to-longitudinal-truncated-normal-model/41447/12
Corresponding brms Issue: https://github.com/paul-buerkner/brms/issues/1899
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 157
- Forks
- 38
- Merge medio
- 4 d 16 h
- PR fusionados (30 d)
- 2
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de stan-dev/loo
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Extend loo_plot_difference Abierto
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Clean up issues Abierto
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