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Option to visualize event times and censoring times as dots in ppc_km_overlay()

Chiusa
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
62/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization

Direzione di ricerca

Iniziare dal punto di ingresso ppc_km_overlay() e verificare come vengono attualmente tracciate le curve di Kaplan-Meier per i tempi degli eventi e della censura. Aggiungere il comportamento richiesto per i punti opzionali, preservando il comportamento predefinito della curva, quindi verificare che entrambe le modalità di visualizzazione producano i grafici previsti.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I was presenting my work related to predictive model checking for survival models (Predictive Assessment and Comparison of Bayesian Survival Models for Cancer Recurrence) at StanCon and somebody asked me about a case where there are so few event times that the Kaplan-Meier curve is far from continuous. In this case, plotting the Kaplan-Meier curve for the observations is clumsy. A similar issue can arise if the time is discretized and there are only few different time points where events are happening, even though the number of events is high.

For these kinds of cases, I think it would be useful if ppc_km_overlay() had a binary parameter dots that could be used to plot the event times and censoring times as dots instead of plotting the Kaplan-Meier curve. The default value could still be dots = FALSE, which plots the Kaplan-Meier curve as before. There are some examples below.

When plotting the Kaplan-Meier curves for these two models, it can be a little bit unintuitive to say which one is fitting and which one is not, since you have to look at the points where the Kaplan-Meier curves fall.

Image Image

In my opinion, the dots would be a clearer visualization, because from these you can instantly tell, which model fits and which does not.

Image Image

Another nice thing about the dots is that they can indicate the exact locations where censoring is happening.

Image Image

I have already implemented this in my own fork so I can make the pull request relatively easily if this is deemed to be a wanted feature for the package.

Lingua principale
R
Stelle
442
Fork
93
Merge medio
3h 17m
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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