`compute_crops.ipynb` fails because it uses deprecated ` crop_corner.interactive(adata_crop)`
@selmanozleyen ci sta già lavorando.
Dal 4/9/2025.
Valutazione
Questa issue non è ancora stata valutata.
Descrizione
(squidpy/docs/notebooks/examples/image/compute_crops.ipynb) fails because of trying to use a deprecated function.
Cell In[8], line 1
----> 1 crop_corner.interactive(adata_crop)
------------------
crop_corner.interactive(adata_crop)
------------------
----- stderr -----
/tmp/ipykernel_2900/2108321461.py:1: DeprecationWarning: Call to deprecated function interactive (The squidpy napari plugin is deprecated, please use https://github.com/scverse/napari-spatialdata).
crop_corner.interactive(adata_crop)
------------------
---------------------------------------------------------------------------
ImportError Traceback (most recent call last)
Cell In[8], line 1
----> 1 crop_corner.interactive(adata_crop)
File ~/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/_utils.py:313, in deprecated.<locals>.decorator.<locals>.new_func1(*args, **kwargs)
307 warnings.warn(
308 fmt1.format(name=func1.__name__, reason=reason),
309 category=DeprecationWarning,
310 stacklevel=2,
311 )
312 warnings.simplefilter("default", DeprecationWarning)
--> 313 return func1(*args, **kwargs)
File ~/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/im/_container.py:1136, in ImageContainer.interactive(self, adata, spatial_key, library_key, library_id, cmap, palette, blending, symbol, key_added)
1079 @d.get_sections(base="_interactive", sections=["Parameters"])
1080 @d.dedent
1081 @deprecated(
(...) 1094 key_added: str = "shapes",
1095 ) -> Interactive: # type: ignore[type-var]
1096 """
1097 Launch :mod:`napari` viewer.
1098
(...) 1134 :meth:`squidpy.pl.Interactive.screenshot`.
1135 """
-> 1136 from squidpy.pl import Interactive # type: ignore[attr-defined]
1138 return Interactive( # type: ignore[no-any-return]
1139 img=self,
1140 adata=adata,
(...) 1148 symbol=symbol,
1149 ).show()
ImportError: cannot import name 'Interactive' from 'squidpy.pl' (/home/runner/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/pl/__init__.py)
Failed to run /home/runner/work/squidpy/squidpy/docs/notebooks/examples/image/compute_crops.ipynb
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 35
- Fork
- 26
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di scverse/squidpy-tutorials
-
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
scverse/squidpy-tutorials#129 · 7 commenti ·
-
Two improvements to the Xenium notebookForse di nuovo libera @LLehner l’ha presa 794 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
scverse/squidpy-tutorials#128 · 4 commenti · 1 assegnatario ·
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
scverse/squidpy-tutorials#123 · 1 commento ·
-
Update version of TangramAperta
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100
scverse/squidpy-tutorials#99 · 1 commento ·