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`compute_crops.ipynb` fails because it uses deprecated ` crop_corner.interactive(adata_crop)`

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@selmanozleyen ci sta già lavorando.

Dal 4/9/2025.

Valutazione

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Descrizione

(squidpy/docs/notebooks/examples/image/compute_crops.ipynb) fails because of trying to use a deprecated function.

Cell In[8], line 1
----> 1 crop_corner.interactive(adata_crop)

------------------
crop_corner.interactive(adata_crop)
------------------

----- stderr -----
/tmp/ipykernel_2900/2108321461.py:1: DeprecationWarning: Call to deprecated function interactive (The squidpy napari plugin is deprecated, please use https://github.com/scverse/napari-spatialdata).
  crop_corner.interactive(adata_crop)
------------------

---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
Cell In[8], line 1
----> 1 crop_corner.interactive(adata_crop)

File ~/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/_utils.py:313, in deprecated.<locals>.decorator.<locals>.new_func1(*args, **kwargs)
    307 warnings.warn(
    308     fmt1.format(name=func1.__name__, reason=reason),
    309     category=DeprecationWarning,
    310     stacklevel=2,
    311 )
    312 warnings.simplefilter("default", DeprecationWarning)
--> 313 return func1(*args, **kwargs)

File ~/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/im/_container.py:1136, in ImageContainer.interactive(self, adata, spatial_key, library_key, library_id, cmap, palette, blending, symbol, key_added)
   1079 @d.get_sections(base="_interactive", sections=["Parameters"])
   1080 @d.dedent
   1081 @deprecated(
   (...)   1094     key_added: str = "shapes",
   1095 ) -> Interactive:  # type: ignore[type-var]
   1096     """
   1097     Launch :mod:`napari` viewer.
   1098 
   (...)   1134     :meth:`squidpy.pl.Interactive.screenshot`.
   1135     """
-> 1136     from squidpy.pl import Interactive  # type: ignore[attr-defined]
   1138     return Interactive(  # type: ignore[no-any-return]
   1139         img=self,
   1140         adata=adata,
   (...)   1148         symbol=symbol,
   1149     ).show()

ImportError: cannot import name 'Interactive' from 'squidpy.pl' (/home/runner/work/squidpy/squidpy/src/squidpy/pl/__init__.py)

Failed to run /home/runner/work/squidpy/squidpy/docs/notebooks/examples/image/compute_crops.ipynb
Lingua principale
Jupyter Notebook
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35
Fork
26
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