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`render_shapes` with datashader fails with `KeyError: 'global'` on non-"global" coordinate systems with geopandas 1.2

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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
72/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
python
Ambito
data-visualization

Direzione di ricerca

Inizia da spatialdata_plot/pl/render.py, nel ramo datashader di _render_shapes, dove transformed_element viene costruito con ShapesModel.parse. Esegui il reproducer da 12.000 shape dell'issue su un sistema di coordinate non globale, con geopandas 1.2.0 e 1.1.4. È completato quando viene renderizzato con entrambe le versioni, gli attributi transform copiati sono rimossi e la trasformazione identità "global" è impostata esplicitamente.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug

With geopandas 1.2.0, render_shapes() fails with KeyError: 'global' when the element has more than 10,000 shapes (so the datashader method is used) and the element is not in the "global" coordinate system.
The same code works with geopandas 1.1.4.

Minimal example

import geopandas as gpd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import shapely
import spatialdata as sd
import spatialdata_plot  # noqa: F401
from spatialdata.models import ShapesModel
from spatialdata.transformations import Identity

# More than 10,000 shapes so that render_shapes picks the datashader method
rng = np.random.default_rng(0)
xy = rng.uniform(0, 1000, size=(12_000, 2))
shapes = gpd.GeoDataFrame(geometry=[shapely.box(x, y, x + 2, y + 2) for x, y in xy])

# The element is only in a coordinate system that is not "global"
sdata = sd.SpatialData(
    shapes={"squares": ShapesModel.parse(shapes, transformations={"sample": Identity()})}
)

fig, ax = plt.subplots()
sdata.pl.render_shapes("squares").pl.show(ax=ax, coordinate_systems="sample")

With geopandas==1.2.0:

  File ".../spatialdata_plot/pl/render.py", line 910, in _render_shapes
    plot_width, plot_height, x_ext, y_ext, factor = _get_extent_and_range_for_datashader_canvas(
        transformed_element, "global", fig_params
    )
  File ".../spatialdata_plot/pl/_datashader.py", line 830, in _get_extent_and_range_for_datashader_canvas
    extent = _fast_extent(spatial_element, coordinate_system)
  File ".../spatialdata_plot/pl/utils.py", line 1678, in _fast_extent
    return _element_extent_fast(element, coordinate_system) or get_extent(element, coordinate_system=coordinate_system)
  File ".../spatialdata_plot/pl/utils.py", line 1585, in _element_extent_fast
    matrix = transformations[coordinate_system].to_affine_matrix(("x", "y"), ("x", "y"))
KeyError: 'global'

With geopandas<1.2 (1.1.4) the plot renders correctly.
With method="matplotlib" it also renders correctly.

Cause

In the datashader path of _render_shapes, the geometry is transformed into the target coordinate system and a new element is made:

transformed_element = ShapesModel.parse(
    gpd.GeoDataFrame(
        data=shapes.drop("geometry", axis=1),
        geometry=transformed_geometry,
    )
)

The extent is then computed in a hard-coded "global" coordinate system.
This relies on ShapesModel.parse adding the default {"global": Identity()} transformation.

shapes.drop(...) keeps DataFrame.attrs, which hold the original transform.
geopandas 1.1.4 dropped these attrs in the GeoDataFrame constructor, but geopandas 1.2.0 keeps them:

import geopandas as gpd, shapely

g = gpd.GeoDataFrame({"a": [1]}, geometry=[shapely.Point(0, 0)])
g.attrs["transform"] = {"sample": 1}
print(gpd.GeoDataFrame(data=g.drop("geometry", axis=1), geometry=g["geometry"]).attrs)
# geopandas 1.1.4: {}
# geopandas 1.2.0: {'transform': {'sample': 1}}

So with geopandas 1.2.0 ShapesModel.parse keeps the original transformations (here only "sample"), no "global" transformation is added, and the lookup fails.

Possible fix

The geometry is already in the target coordinate system, so the copied transform attrs can be removed before parsing.
Just passing transformations={"global": Identity()} to ShapesModel.parse is not sufficient. With geopandas 1.2.0 it raises ValueError: Transformations are both specified for the element and also passed as an argument to the parser.

This change makes the example above work with both geopandas 1.1.4 and 1.2.0:

-        transformed_element = ShapesModel.parse(
-            gpd.GeoDataFrame(
-                data=shapes.drop("geometry", axis=1),
-                geometry=transformed_geometry,
-            )
-        )
+        transformed_gdf = gpd.GeoDataFrame(
+            data=shapes.drop("geometry", axis=1),
+            geometry=transformed_geometry,
+        )
+        # geometry is already in the target coordinate system; drop any transform
+        # carried over in attrs (geopandas >= 1.2 propagates DataFrame.attrs)
+        transformed_gdf.attrs.pop("transform", None)
+        transformed_element = ShapesModel.parse(transformed_gdf, transformations={"global": Identity()})

Versions

spatialdata-plot  0.4.2
geopandas         1.2.0
spatialdata       0.8.0
pandas            3.0.6
shapely           2.2.0
datashader        0.19.1
numpy             2.5.3
Python            3.13.5
OS                macOS-26.7.1-arm64
Lingua principale
Python
Stelle
86
Fork
22
Merge medio
4g 5h
PR unite (30g)
5

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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