Interface to get tensors from MuData
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
Direzione di ricerca
Inizia leggendo l’interfaccia attuale di muon.tl.mofa() e il modo in cui gestisce le osservazioni presenti solo in alcune modalità. Traccia come il suo caricatore di dati potrebbe esporre queste strategie alle applicazioni downstream. Il lavoro è completato quando il caricatore supporta l’unione delle osservazioni con dati mancanti o imputazione e l’intersezione delle osservazioni, e il comportamento è disponibile oltre MOFA.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Downstream applications that use count matrices or embeddings from multiple modalities frequently operate on tensors.
For instance, in the current muon.tl.mofa() interface, there is a way to use or discard observations that are present only in some modalities.
We could consider refactoring that code and implementing these strategies (e.g. obs union with missing data or imputation, obs intersection) as part of the data loader that will make it accessible for all the downstream applications.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 134
- Fork
- 28
- Merge medio
- 20h 24m
- PR unite (30g)
- 11
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di scverse/mudata
-
AnnData subclass modalities (e.g. TreeData) lose their extra elements and type on write_h5mu/write_zarr + readForse di nuovo libera Una pull request per questa issue è stata chiusa senza essere unita. Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 15/100
scverse/mudata#210 · 17 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
read_h5mu() fails on files written by mudata <= 0.1.1 (encoding-type "AnnData")Forse già presa @viranovskaya l’ha presa 14 giorni fa. Aperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Fully typeForse già presa @ilia-kats l’ha presa 49 giorni fa. Aperta
scverse/mudata#196 · 2 commenti · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 28/100
scverse/mudata#111 · 21 commenti · 7 reazioni ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Concat on diskApertaenhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
scverse/mudata#98 · 3 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Tutte le issue di scverse/mudata
Issue simili
-
The changelog workflow excludes otelbot but not dependabot, so every Dependabot pull request fails the changelog checkForse già presa @ocelotl l’ha presa oggi. Aperta
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 82/100
open-telemetry/opentelemetry-python#5825 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
cuga-project/cuga-agent#1020 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 70/100
microsoft/playwright#43640 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
stac-utils/stac-fastapi-elasticsearch-opensearch#965 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
from-review-extraction library privacy python severity:suggested
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 83/100
LearningCircuit/local-deep-research#7951 ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni