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Introduce explicit syntax to detach backed modalities

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I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

@ilia-kats ci sta già lavorando.

Dal 14/12/2020.

Valutazione

Questa issue non è ancora stata valutata.

Descrizione

enhancement

If a modality has been backed inside .h5mu, on copy/write operations we might want to have a clearly defined behaviour. In particular the proposal is to differentiate between modalities linked to the MuData object and modalities detached from it:

mdata = mu.read('rna_atac.h5mu', backed=True)

rna = mdata['rna']
#          ^__ linked
rna.copy('rna.h5ad')
# => Error referring the user to the MuData object

rna = mdata.mod['rna']
#          ^__ detached
rna.copy('rna.h5ad')
# => Success

This proposal has been brought forward by @ilia-kats and has been originally discussed in the issue scverse/muon#17.

Lingua principale
Python
Stelle
134
Fork
28
Merge medio
20h 24m
PR unite (30g)
11

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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