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Integrate into scanpy and anndata

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python

Direzione di ricerca

La issue non indica alcun file o test. Inizia individuando asarray, sum e axis_sum, quindi confronta il loro comportamento con le differenze di integrazione indicate per scanpy e anndata; il lavoro è completato quando le lacune di compatibilità elencate sono state affrontate e verificate.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Current differences:

  • asarray uses to_dense internally for cs{cr}_{matrix,array}
  • asarray supports zarr (#2)
  • asarray operates on a protocol OutOfCoreDataset defined by a to_memory method instead of the concrete class BaseCompressedSparseDataset (#4)

sum/axis_sum

  • returns np.ndarrays even when passing in a cs{rc}_matrix
Lingua principale
Python
Stelle
15
Fork
5
Merge medio
14h 52m
PR unite (30g)
13

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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