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rrwick

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Bandage
a Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

C++ · 679 stelle
Unicycler
hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

C++ · 653 stelle
Trycycler
A tool for generating consensus long-read assemblies for bacterial genomes

Python · 348 stelle
Badread
a long read simulator that can imitate many types of read problems

Python · 302 stelle
Minipolish
A tool for Racon polishing of miniasm assemblies

Python · 84 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Coordinate system BadRead Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

rrwick/Badread#40 · 1 commento · Aperta il 24/4/2026
Turn off overlap-trimming to allow refinement by OLC Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

rrwick/Unicycler#358 · Aperta il 21/10/2025
Problem with high coverage Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#357 · Aperta il 24/9/2025
Determining graph multiplicity takes too long time Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#356 · Aperta il 8/8/2025
running with a merged fastq file Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#354 · Aperta il 26/5/2025
SPAdes encountered an error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#353 · Aperta il 15/5/2025
Unicycler crashing computer and/or not running? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#352 · 1 reazione · Aperta il 27/4/2025
Windows command-line error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#126 · Aperta il 31/3/2025
Parsing issue of CSV file in v0.9.0 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Bandage#125 · Aperta il 5/3/2025
Unicycler SPAdes error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#351 · 4 commenti · Aperta il 7/2/2025
using Unicycler for hybrid metagenomic- A double-edged sword ? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

rrwick/Unicycler#350 · Aperta il 31/1/2025
Question regarding subsampled reads and uneven coverage Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#349 · Aperta il 23/1/2025
Empty Assembly.fasta file Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#348 · Aperta il 3/1/2025
Not Circularization Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Minipolish#14 · 1 commento · Aperta il 19/12/2024
bandage image with --lengths --depth options Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Bandage#124 · Aperta il 11/12/2024
unicycler: error: argument --spades_options: expected one argument Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#345 · 1 commento · Aperta il 7/12/2024
save error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#123 · Aperta il 23/10/2024
.gfa file type unsupported on Windows Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#122 · Aperta il 10/10/2024
Cause of read depth of 0.000x after polishing Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Minipolish#13 · 10 commenti · Aperta il 22/7/2024
configs/isolate_mode.info']" finished abnormally, OS return value: -7 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 18/100

rrwick/Unicycler#337 · Aperta il 17/7/2024
Conflict of checkM results using SPADEs and Unicycler Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#336 · Aperta il 3/7/2024
Spades in its most recent version still gives the "too old" error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#335 · Aperta il 26/6/2024
Installing minipolish Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

rrwick/Minipolish#12 · Aperta il 25/6/2024
Can't open graph path files Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#121 · Aperta il 17/6/2024
Spades assembly crashed without log error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#334 · 16 commenti · 1 reazione · Aperta il 17/5/2024
Issue in opening mac terminal Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#120 · Aperta il 8/5/2024
How to handle PacBio simulated reads before mapping Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Badread#31 · 2 commenti · Aperta il 3/4/2024
build fails in python3.12 since distutils has gone away Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#333 · Aperta il 31/3/2024
Add size scale to static png´s. Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Bandage#119 · Aperta il 18/3/2024
pilon out of memory error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#330 · 2 commenti · Aperta il 17/12/2023
Threads usage warnings Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#329 · Aperta il 30/11/2023
SPAdes crashed on M1 Mac Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#328 · Aperta il 22/11/2023
Installation error or make from source Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#327 · Aperta il 16/11/2023
assembly error for single read R1 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 18/100

rrwick/Unicycler#326 · Aperta il 12/11/2023
Spurious entry in dnaA.fasta Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#325 · Aperta il 25/10/2023
Finding overlaps with minimap... Killed Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#324 · 2 commenti · Aperta il 23/10/2023
Does unicycler.log contains information about genome coverage? Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#323 · Aperta il 24/8/2023
Odd results when assembling H. pylori Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

rrwick/Unicycler#322 · 1 commento · Aperta il 15/8/2023
small contigs with less than 1 fold of coverage Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#319 · 2 commenti · Aperta il 7/6/2023
Illegal Division by Zero while Building long read bridges - continued error after update v0.5.0 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#318 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 1/6/2023
help with compiling for bioconda Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#118 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 25/5/2023
ler Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 1/100

rrwick/Unicycler#317 · Aperta il 17/5/2023
can bandage display a verkko assembly? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Bandage#117 · Aperta il 8/5/2023
Filter contigs by depth Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#316 · Aperta il 25/4/2023
GFA reports contig with length 0 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#315 · 2 commenti · 2 reazioni · Aperta il 24/4/2023
Documentation on post processing of simulated sequences Aperta

enhancement

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Badread#22 · 1 commento · Aperta il 19/4/2023
Update spades installed with unicycler Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Unicycler#314 · 3 commenti · Aperta il 10/4/2023
Unicycler v 0.5.0 still returns ZeroDivisionError: float division by zero error Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

rrwick/Unicycler#313 · 2 commenti · Aperta il 27/3/2023
can not detect the plasmid sequence Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

rrwick/Unicycler#312 · 1 reazione · Aperta il 17/3/2023
Bandage image Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

rrwick/Bandage#116 · 1 commento · Aperta il 10/3/2023

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