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Need Tanimoto Similarity Search in the rdkit/rdkit-js like RDKIT

Aperta
#293 5 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
javascript, wasm
Ambito
search, tooling

Direzione di ricerca

Start by comparing rdkit-js's existing Substructure Search API with RDKit's DataStructs.TanimotoSimilarity entry point. Determine how the requested similarity threshold and SMILES or molecule inputs should fit the current API, then verify that searches over an array report whether the threshold is met. Done means the similarity search is exposed in rdkit-js with behavior matching the requested example.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Is your feature request related to a problem? Please describe.
No.

Describe the solution you'd like
Right now, it looks like rdkit-js only have the ability to do the Substructure Search.

However, we need to have Tanimoto Similarity search. For example:
You send a smiles string/or rdkit.get_mol(smiles string) + the similarity level (like 80% or any similarity level you want), then the code will search through an array of smiles just like what Substructure Search did. Then the function will tell if it can reach the similarity level of not.

Describe alternatives you've considered
I reviewed the source code of RDKIT. It looks the function is already there: DataStructs.TanimotoSimilarity.
Will you be able to migrate the function and put it in the rdkit-js?

Additional context
None.

Lingua principale
SCSS
Stelle
248
Fork
47
Merge medio
4m
PR unite (30g)
4

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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