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Properties are not extracted from SDF files

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
javascript, wasm
Ambito
api, data

Direzione di ricerca

Reproduce the supplied SDF with the RDKit.get_mol entry point, then inspect how get_prop_list and get_prop expose the tagged properties. Compare this behavior with the Chem.SDMolSupplier functionality mentioned in the issue; done means the two named properties are available through the JavaScript API or the requested supplier functionality is exposed.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Describe the bug
I am trying to ingest an SDF file with RDKit JS and am running into an issue where the properties tagged on an SDF file are missing

To Reproduce

Consider the following code:

const molString = ` 
ww   csweb09162414372D 0   0.00000     0.00000
 
  9  9  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
  137.0000  319.8763    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  108.1690  305.9919    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  101.0483  274.7943    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  121.0000  249.7757    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  153.0000  249.7757    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  172.9517  274.7943    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  165.8310  305.9919    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  242.0000  338.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  280.0000  298.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
  1  7  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  7  8  1  0  0  0  0
  8  9  1  0  0  0  0
M  END

> <some_property>
0

> <PUBCHEM_COMPONENT_COUNT>
1

$$$$
`
const mol = window.RDKit.get_mol("\n" + molSDF + "$$$$\n");
const keys: string[] = mol.get_prop_list();
const metadata = {};
for (var key in keys) {
  console.log("mol." + key + " = " + mol.get_prop(key));
  metadata[key] = mol.get_prop(key);
}
console.log(metadata);

Expected behavior

I would expect to see the properties "some_property" and "PUBCHEM_COMPONENT_COUNT", but instead these are missing.

Screenshots

Output of metadata in the example:
image

Version

This issue was noticed in RDKit version: 2024.03.5

Additional context
This is maybe medium priority for me, my current workaround is just to manually extract the properties outside of RDKit. It would be nice to update get_mol but it would also be even more useful to export functionality from Chem.SDMolSupplier as defined here: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#reading-sets-of-molecules

Lingua principale
SCSS
Stelle
253
Fork
47
Merge medio
1m
PR unite (30g)
3

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