`table_biomass_abundance_catch` fails tests due to change in `example_data`

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Descrizione

bug

A change in the format of example_data introduced in https://github.com/nmfs-ost/stockplotr/commit/e74daf8cb3e7d3ab050f746209e1fb11f00335f7 results in table_biomass_abundance_catch failing. The new example_data results in sex specific values for abundance, which are not being aggregated by the the table function.

I believe the solution is:

if (x == "catch$|landings_observed") {
        extra_grouping <- check_grouping(filtered_data)[-grep("year|fleet", check_grouping(filtered_data))]
        
        filtered_data <- filtered_data |>
          dplyr::summarise(
            estimate = sum(as.numeric(estimate), na.rm = TRUE),
            estimate_upper = mean(as.numeric(estimate_upper), na.rm = TRUE),
            estimate_lower = mean(as.numeric(estimate_lower), na.rm = TRUE),
            uncertainty_label = unique(uncertainty_label),
            uncertainty = mean(uncertainty, na.rm = TRUE),
            .by = c(year, model, label)
          ) # |>
        # dplyr::ungroup()
} else if (x == "^abundance") {
        extra_grouping <- check_grouping(filtered_data)[-grep("year|sex", check_grouping(filtered_data))]
        
        filtered_data <- filtered_data |>
          dplyr::summarise(
            estimate = sum(as.numeric(estimate), na.rm = TRUE),
            estimate_upper = mean(as.numeric(estimate_upper), na.rm = TRUE),
            estimate_lower = mean(as.numeric(estimate_lower), na.rm = TRUE),
            uncertainty_label = unique(uncertainty_label),
            uncertainty = mean(uncertainty, na.rm = TRUE),
            .by = c(year, model, label)
          ) # |>
        # dplyr::ungroup()
} else {
         extra_grouping <- check_grouping(filtered_data)[-grep("year", check_grouping(filtered_data))]
}

specifically, the introduction of the else if (x=="^abundance") conditional.

If this fix is not desired, reverting the above commit leads to this function working as previously and all associated tests passing.

Lingua principale
R
Stelle
20
Fork
10
Merge medio
3g 19h
PR unite (30g)
23

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