ENH: Upstream ResampleSeries resampling engine from fMRIPrep

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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia leggendo fmriprep/interfaces/resampling.py e fmriprep/utils/asynctools.py, concentrandoti su ResampleSeries, resample_image, resample_vol, resample_series e worker. Determina come questi componenti dovrebbero essere condivisi in NiTransforms; il lavoro è completato quando l’interfaccia, le funzioni e l’utilità elencate sono state portate upstream per essere riutilizzate da fMRIPrep, dMRIPrep e NiBabies.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Summary

fMRIPrep contains the core one-shot resampling engine for EPI time series in fmriprep/interfaces/resampling.py. This is the most architecturally significant piece of fMRIPrep code that should be shared across NiPreps.

ResampleSeries interface + resample_image / resample_vol / resample_series functions

The core one-shot resampling engine that combines:

  • Per-volume HMC transform application (VOX2VOX)
  • Fieldmap-based coordinate displacement with PE direction
  • Jacobian intensity correction
  • Async concurrent per-volume resampling

The modality-agnostic core (resample_vol, async infrastructure) can serve as the shared resampling engine for fMRIPrep, dMRIPrep, and NiBabies.

Supporting utility: asynctools.worker (fmriprep/utils/asynctools.py)

Async semaphore-gated worker function for concurrent resampling.

Code to upstream

  • ResampleSeries Nipype interface
  • resample_image, resample_vol, resample_series functions
  • asynctools.worker utility

Rationale

  • dMRIPrep needs essentially identical one-shot resampling (with DWI-specific adaptations)
  • The core resample_vol function is modality-agnostic
  • NiTransforms is the natural home for the reference resampling implementation
  • This would become the shared resampling engine for the entire NiPreps ecosystem

Priority

HIGH — cornerstone of the transform stage, critical for dMRIPrep.

Lingua principale
Python
Stelle
36
Fork
18
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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