Problem applying h5-files from fmriprep outputs for reproduction of normalization
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
Direzione di ricerca
Iniziare con le chiamate fornite a nt.manip.load e xfm.apply, utilizzando l’immagine T1w, il riferimento MNI e la trasformazione H5 prodotta da fMRIPrep. Confrontare l’orthoview risultante con T1w_MNI_ref e determinare il percorso di applicazione supportato; il lavoro è completato quando l’immagine trasformata non è vuota e la normalizzazione può essere riprodotta in modo coerente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Dear Developers,
currently I am aiming to reproduce the normalization steps in fmriprep (e.g. _desc-preproc_T1w.nii.gz -> 1_space-MNI152NLin6Asym_desc-preproc_T1w.nii.gz) with nitransforms. The bigger goal is to check bit-identity between fmriprep outputs and manually produced normalization outputs allowing us to easily reproduce just the normalization with datalad (rerun) and hence throw away the normalized images alleviating our storage issues. Not being able to identify the exact code related to the normalization in the fmriprep and smriprep code base I was trying to achieve a normalization with the .h5-file produced by fmriprep (_from-T1w_to-MNI152NLin6Asym_mode-image_xfm.h5).
If I understand the documentation correctly loading the h5-file with nt.manip.load and applying / mapping it subsequently should do the job.
My code:
T1w = nib.load("sub-000480a3_ses-1_desc-preproc_T1w.nii.gz")
T1w_MNI_ref = nib.load("sub-000480a3_ses-1_space-MNI152NLin6Asym_desc-preproc_T1w.nii.gz")
xfm = nt.manip.load("sub-000480a3_ses-1_from-T1w_to-MNI152NLin6Asym_mode-image_xfm.h5", reference=T1w_MNI_ref, moving=T1w)
T1w_MNI = xfm.apply(T1w)
However, when visualising the resulting T1w_MNI with T1w_MNI.orthoview() the image is empty / black.
I was also messing around with other approaches with no avail.
Is there a suggested way to apply the transforms? I would also greatly appreciate recommendations regarding the exact reproduction of fmriprep normalizations.
Thanks a lot in advance.
Cheers,
Marvin
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