nf-core/rnafusion

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• test_build fails in STARFUSION_BUILD: --human_gencode_filter is applied to the STAR-Fusion tutorial minigenome

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

  nf-core/rnafusion#832 · Aperta il 15/10/2026

• Error downloading fusion_report Reference

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  nf-core/rnafusion#828 · Aperta il 17/9/2026

• FusionGDB2 error inside FusionReport reference building

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

  nf-core/rnafusion#823 · 3 commenti · Aperta il 6/7/2026

• Malformed STAR --outSAMattrRGline due to incorrect whitespace in PL tag

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 82/100

  nf-core/rnafusion#822 · Aperta il 26/6/2026

• Update `bam_stringtie_merge` with latest fixes from nf-core

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

  nf-core/rnafusion#799 · Aperta il 16/4/2026

• Transcript annotations in VCF are lost when data isn't found by FusionInspector

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 18/100

  nf-core/rnafusion#787 · Aperta il 19/1/2026

• Single-end analysis not working

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  nf-core/rnafusion#785 · 2 commenti · Aperta il 30/12/2025

• create index on "markduplicates" output BAM

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  nf-core/rnafusion#784 · 1 commento · Aperta il 30/12/2025

• When running a BAM input, ARRIBA_VISUALISATION and FUSIONINSPECTOR modules do not run

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  nf-core/rnafusion#780 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 17/11/2025

• Process `RNAFUSION:FASTQ_ALIGN_STAR:STAR_ALIGN (test)` terminated with an error exit status (137)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/rnafusion#777 · 1 commento · Aperta il 21/10/2025

• Question about fastp trimming

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  nf-core/rnafusion#776 · 1 commento · Aperta il 20/10/2025

• When using --genomes_base the function exists_not_empty does not work properly

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  nf-core/rnafusion#774 · Aperta il 10/10/2025

• `FUSIONCATCHER` fails with out of memory error

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  nf-core/rnafusion#773 · Aperta il 24/9/2025

• Reintegrate `QC_WORKFLOW` subworkflow into pipeline after migration to nf-core/subworkflows

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  nf-core/rnafusion#755 · Aperta il 26/8/2025

• Reintegrate `FUSIONINSPECTOR` subworkflow into pipeline after migration to `nf-core/subworkflows`

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  nf-core/rnafusion#754 · Aperta il 26/8/2025

• Replace `GENCODE_DOWNLOAD` for nf-core `WGET`

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  nf-core/rnafusion#739 · Aperta il 8/8/2025

• Replace `HGNC_HGNC` module with nf-core `WGET` module

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  nf-core/rnafusion#700 · 1 commento · Aperta il 4/7/2025

• Gencode release 48

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  nf-core/rnafusion#690 · 1 commento · Aperta il 2/7/2025

• CTATSPLICING module fails due to lack of clear support for CancerSplicingLib indexing inside container

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/rnafusion#681 · 2 commenti · Aperta il 18/6/2025

• Create nf-test for STARFUSION_DETECT using a junction file as input

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  nf-core/rnafusion#593 · Aperta il 19/12/2024

• Move local modules to nf-core/modules

  Forse di nuovo libera @delfiterradas l’ha presa 457 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  nf-core/rnafusion#575 · 2 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 6/12/2024

• Feed fusions separately to fusioninspector

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  nf-core/rnafusion#517 · Aperta il 13/11/2024

• Allow for spike-ins

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  nf-core/rnafusion#369 · Aperta il 22/6/2023

• Handling samples split over multiple lanes

  Forse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/rnafusion#798 · 1 commento · Aperta il 14/4/2026

• ctatsplicing reference building triggering

  Forse già presa @rannick l’ha presa 455 giorni fa. Aperta

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/rnafusion#704 · Aperta il 10/7/2025