Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

nf-core/proteinfold

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Protein 3D structure prediction pipeline

nf-core/proteinfold è adatto ai principianti?

Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su nf-core/proteinfold per dire quanto spesso vengono accettate. In questo momento sono aperte 2 issue adatte ai principianti.

Stelle
116
Fork
75
Issue aperte per principianti
2
Issue indicizzate
90
Merge medio
11g 11h
PR unite (30g)
2
Lingua principale
HTML
Licenza
MIT
Ultimo push su GitHub
7/10/2026
Ultima indicizzazione
19/9/2026
Guida per i contributori
Codice di condotta
Label per principianti
help wanted

Come contribuire a nf-core/proteinfold

  1. Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
  2. Il progetto include un dev container: aprilo in Codespaces per avere un ambiente funzionante nel browser.
  3. Leggi il suo codice di condotta: vale per issue e pull request tanto quanto per la chat.
  4. Scegli una delle 2 issue aperte adatte ai principianti qui sotto e, prima di iniziare, scrivi in un commento che vuoi occupartene.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • bin/extract_metrics.py missing the 3 for python3
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 92/100

    nf-core/proteinfold#662 ·

  • Registry dropped with `-profile <institution>,singularity`, so images are pulled from Docker Hub
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/proteinfold#661 ·

  • Dependency clash in modules/local/fasta_to_alphafold3_json/environment.yml
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/proteinfold#658 ·

  • AlphaFold3 data pipeline never finds the Rfam database (Rfam-*.fasta glob does not match the shipped filename)
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

    nf-core/proteinfold#649 ·

  • BOLTZ_FASTA errors on more than 62 fasta entries
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/proteinfold#637 ·

  • Downstream mmcif analysis
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#635 · 1 commento · 1 reazione ·

  • Python script to format metadata to table
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/proteinfold#627 ·

  • Add docs/development section for tips on contributors adding new modes
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/proteinfold#623 ·

  • Create an --all_structs flag for populate_modelcif.py, capture *every* model & seed
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    nf-core/proteinfold#622 · 1 assegnatario ·

  • Wire up a complete ASSEMBLE_MODECIF{} module to POST_PROCESSING{} for all modes
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#615 ·

  • Extract tsv parsers from populated_modelcif.py into shared utils.py
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    duplicate

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/proteinfold#614 ·

  • Ensure all coordinates from the ensemble are stored in the modelCIF
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    nf-core/proteinfold#596 · 1 assegnatario ·

  • Populate modelCIF atomic fields
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    nf-core/proteinfold#593 · 1 assegnatario ·

  • Ensure the PAE as stored is openable in ChimeraX
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    nf-core/proteinfold#591 · 1 assegnatario ·

  • Capture container image used to create structure
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/proteinfold#590 ·

  • Boltz multimer with precomputed MSAs with .yaml input
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/proteinfold#589 · 1 commento ·

  • Compression of a metric-complete modelCIF?
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    question

    nf-core/proteinfold#583 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • Standardise metric file identities
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/proteinfold#581 ·

  • Populate modelCIF software and protocol classes
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#579 · 3 commenti · 1 assegnatario ·

  • Populate modelCIF metrics classes
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#578 · 1 assegnatario ·

  • Create micro db for boltz
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    WIP

    nf-core/proteinfold#568 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • Create wave container for EXTRACT_METRICS local module
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#562 · 4 commenti · 1 assegnatario ·

  • Split EXTRACT_METRICS for HelixFold3
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    WIP

    nf-core/proteinfold#548 · 1 assegnatario ·

  • Split EXTRACT_METRICS for ESMFold
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    Ready for review

    nf-core/proteinfold#547 · 1 assegnatario ·

  • Split EXTRACT_METRICS for RoseTTAFold-All-Atom
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    Ready for review

    nf-core/proteinfold#546 · 1 assegnatario ·

  • Split EXTRACT_METRICS for ColabFold
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    Ready for review

    nf-core/proteinfold#545 · 1 assegnatario ·

  • Split EXTRACT_METRICS for RoseTTAFold2NA
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    help wanted

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#544 ·

  • Split EXTRACT_METRICS for AlphaFold3
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    help wanted

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#543 ·

  • Split EXTRACT_METRICS for Boltz
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    Ready for review

    nf-core/proteinfold#542 · 1 assegnatario ·

  • Create microDBs for AlphaFold3
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    help wanted

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#534 ·

  • Create microDBs for MMSEQS_COLABFOLDSEARCH
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    WIP

    nf-core/proteinfold#533 · 1 assegnatario ·

  • Update RUN_ALPHAFOLD2 for preparing the migration to modules
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#529 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • Update RUN_BOLTZ for preparing the migration to modules
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#528 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • MMseqs2 colabfoldsearch batching
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#521 · 1 assegnatario ·

  • Add documentation for creating padded DBs
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#520 · 1 assegnatario ·

  • Reduce size of mini dbs
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    WIP

    nf-core/proteinfold#518 · 3 commenti · 1 assegnatario ·

  • Add DockQ v2 protein complex interface quality scoring
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#516 · 1 assegnatario ·

  • Add US-align structural comparison and evaluation module
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/proteinfold#515 ·

  • Mode-specific metromap
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#513 ·

  • Additional clarity for reported metrics in TSV files.
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/proteinfold#506 ·

  • Improve MSA extraction from RoseTTAFold-All-Atom internal chain directories
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#491 ·

  • Improve MSA processing robustness in Boltz module
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/proteinfold#490 ·

  • Rename Boltz output channels to use format suffix (_npz, _tsv)
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#487 · 1 assegnatario ·

  • Support cif files in boltz
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#486 ·

  • Enable custom MSA input
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#479 ·

  • Better support for running multiple replicates with different seeds.
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/proteinfold#478 ·

  • Support for sharded sequence database search
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#477 ·

  • Split AlphaFold2 MSA search operations in to separate nextflow processes
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#476 ·

  • multiqc/proteinfold for a 'bulk report'
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/proteinfold#439 · 5 commenti · 1 assegnatario ·

  • Implement ci workflow to run bioflow-inside
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/proteinfold#423 ·

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