Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

nf-core/eager

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A fully reproducible and state-of-the-art ancient DNA analysis pipeline

nf-core/eager è adatto ai principianti?

Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su nf-core/eager per dire quanto spesso vengono accettate. In questo momento sono aperte 2 issue adatte ai principianti.

Stelle
213
Fork
90
Issue aperte per principianti
2
Issue indicizzate
57
Lingua principale
Nextflow
Licenza
MIT
Ultimo push su GitHub
27/7/2026
Ultima indicizzazione
19/9/2026
Guida per i contributori
Codice di condotta
Label per principianti
help wanted
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Come contribuire a nf-core/eager

  1. Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
  2. Include un Dockerfile o un file Docker Compose, quindi puoi avviarlo senza installare tutta la sua toolchain.
  3. Leggi il suo codice di condotta: vale per issue e pull request tanto quanto per la chat.
  4. Scegli una delle 2 issue aperte adatte ai principianti qui sotto e, prima di iniziare, scrivi in un commento che vuoi occupartene.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • DSL2: Mapping process tag does not include shard number
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/eager#1196 ·

  • DSL2: `-resume` unsuccessful caching of some processes
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/eager#1193 ·

  • DSL2: Reference indexing result directory structure does not match output.md
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug documentation DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

    nf-core/eager#1187 · 1 commento ·

  • DSL2: mapdamage appears in multiqc, even when it is not run
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/eager#1179 ·

  • DSL2: bamqc does not get stats across all references in multi-ref cases
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/eager#1178 ·

  • DSL2: Processed reads not saved in results directory
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/eager#1176 ·

  • DSL2: Add option for polyG/X trimming with fastp
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#1175 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • DSL2: Pre-Release Checklist
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#1172 ·

  • DSL2: Update modules to use version topics
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 help wanted needs upstream fix

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100

    nf-core/eager#1170 ·

  • terminated with an error exit status (140)
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#1166 · 4 commenti ·

  • DSL2: ATLAS genotyping
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#1165 ·

  • Using modified strobealign to align ancient DNA
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/eager#1160 · 6 commenti ·

  • DSL2: Switch to `main` branch
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    easier-tasks major

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/eager#1157 ·

  • DSL2: bwa index with multiref may be overwriting each other
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#1152 · 1 commento ·

  • DSL2: metagenomics modules config for krakenuniq duplicated
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    nf-core/eager#1150 · 1 assegnatario ·

  • DSL2: `test_full` nf-test conversion
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    nf-core/eager#1141 · 1 assegnatario ·

  • Variation graph mapping
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#1132 · 3 commenti ·

  • DSL2 - Host-removal keeps adapters in [DISCUSSION?]
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    nf-core/eager#1131 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • DSL2 remove or change bamfiltering_genomicbamfilterflag
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/eager#1130 ·

  • DSL2 - Genotyping on unmerged libraries
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#1128 · 4 commenti · 1 assegnatario ·

  • [test data] Human aligned bam testdataset still has SQ tags for non-existant fasta indices in corresponding fasta used
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug needs upstream fix

    nf-core/eager#1127 · 1 assegnatario ·

  • JSON schema: Eager
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#1124 ·

  • Edit distance plots for mapped reads
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

    nf-core/eager#1101 · 1 commento ·

  • DSL2: Options for different adapters for ssDNA and dsDNA libraries within the same run.
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/eager#1091 · 1 commento ·

  • DSL2: Add bamRefine as a damage manipulation alternative?
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/eager#1087 · 1 commento ·

  • DSL2: Genotyping on multiple snp sets in one run?
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#1077 · 1 commento ·

  • DSL2: Add 'output' documention for mtnucratio
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation DSL2

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100

    nf-core/eager#1070 ·

  • DSL2: Add MultiVCFAnalyzer
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#1069 · 2 commenti · 1 assegnatario ·

  • DSL2: Ensure modules config consistency: all modules have an `ext.prefix` and `publishDir` attribute, and follow conventions.
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/eager#1066 ·

  • Fix description of mt/n ratio in docs
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    documentation DSL1 DSL2

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/eager#1055 ·

  • Throw warning when genotyping with pileupcaller on single-stranded libraries that were PE and not collapsed
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#1054 ·

  • DSL2: Add HapCON?
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

    nf-core/eager#1015 ·

  • DSL2: Add to MultiQC support for coverage_across_reference.txt file
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement needs upstream fix

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/eager#1001 ·

  • DSL2: Print Nuclear Contamination JSON `N/A` value
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug DSL2

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#995 · 2 commenti ·

  • DSL2: PMDTools for estimation vs manipulation of damage
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#989 ·

  • DSL2: Add test profile that forces ALL the possible merging steps for FastQ and BAM inputs, to ensure no file name collisions happen.
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    nf-core/eager#986 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • DSL2: Provide correct data for upload to sequencing archives (e.g. ENA)
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#974 ·

  • DSL2L: Add support for specifying platform in input TSV
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#970 ·

  • Possiblity to extract non-host paired-end reads in separate FastQ files
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#945 · 1 assegnatario ·

  • DSL2: Document loudly that -params-files should replace custom.config for parameters
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 38/100

    nf-core/eager#943 ·

  • DSL2: pop-gen
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#924 · 3 assegnatari ·

  • DSL2: stats
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    nf-core/eager#922 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • Dev notes: eager3 don't forget list
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#918 ·

  • Mitochondrial and Ych haplotype callers
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#917 · 7 commenti ·

  • DSL2: Sex determination output sometimes listed on Sample, sometimes on library level
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug DSL2

    nf-core/eager#837 · 2 commenti · 1 assegnatario ·

  • DSL2: Only load modules if being used
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement low_priority

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#830 · 7 commenti ·

  • DSL2 Planning
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#778 · 5 commenti ·

  • Consider competitive mapping for contaminant removal
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement feature help wanted

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/eager#618 · 2 commenti ·

  • Remove linebreaks in markdown docs to reduce diff size
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 low_priority

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/eager#617 · 2 commenti · 1 reazione ·

  • Consider AuthentiCT
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    DSL2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/eager#371 · 4 commenti ·

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