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Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

Ruby incompatibility with `ubuntu-latest`
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100

greenelab/lab-website-template#357 · 1 commento · Aperta il 30/10/2026
Add ancestry principal components as eQTL covariates (journal version)
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#32 · 2 commenti · Aperta il 1/10/2026
Retest the cis-eQTLs with tensorQTL: precise p-values and covariates on genotype too (journal version)
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#31 · Aperta il 1/10/2026
Remove inline reviewer comments before submission
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#29 · 3 commenti · Aperta il 1/10/2026
Permutation test: rerun with more shuffles for borderline genes (ABCC13 q = 0.061)
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#23 · 1 commento · Aperta il 1/10/2026
Remove or resolve placeholder text that shows in the rendered manuscript
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#19 · 6 commenti · Aperta il 25/9/2026
Identify and add full results tables as supplement
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#7 · 3 commenti · Aperta il 15/9/2026
Agentic Programming and Review
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

greenelab/onboarding#40 · 1 commento · Aperta il 28/8/2026
Reusable holdouts to ensure Tranches test generalization
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

greenelab/fm-pm-eval-manuscript#5 · 1 commento · Aperta il 30/6/2026
Guiding question: do biomedical foundation and world models generalize OOD well enough for personalized medicine?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

greenelab/fm-pm-eval-manuscript#4 · Aperta il 26/6/2026
Split tranches by cancer types
Forse di nuovo libera @lagillenwater l’ha presa 127 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
- Qualcosa non va?
greenelab/fm-pm-eval-manuscript#3 · 1 assegnatario · Aperta il 26/6/2026
Access to full trained PLIER model
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

greenelab/mousiplier#27 · 4 commenti · Aperta il 6/5/2025
Automatically generated DOI's for blog posts
Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

greenelab/lab-website-template#317 · 5 commenti · Aperta il 11/4/2025
Parallelized processes
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/pubtator#34 · 1 commento · Aperta il 4/4/2025
What is the `NamePrism.h5` file refered to in this repo? Is it the model of CIKM 2017 paper?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 25/100

greenelab/wiki-nationality-estimate#22 · Aperta il 13/3/2025
Investigate removing "write + read" permissions from docs
Aperta
- Qualcosa non va?
documentation enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/lab-website-template#292 · 1 commento · Aperta il 10/12/2024
Wrong name of filter parameter
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100

greenelab/lab-website-template-docs#4 · Aperta il 26/11/2024
plotMetrics and mixtureModel functions do not accept different column names for data
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

greenelab/miQC#12 · 1 commento · Aperta il 10/10/2024
Processing does not stop when pressing Ctrl-C
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/ccc#38 · 1 commento · Aperta il 19/9/2024
Redesign template from ground up, with new framework
Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

greenelab/lab-website-template#278 · 9 reazioni · Aperta il 3/9/2024
Inverse Hyperbolic Sin Transformation Was Applied on DWPCs Reported in Connectivity Search Website
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

greenelab/connectivity-search-frontend#170 · Aperta il 2/7/2024
Inverse Hyperbolic Sine Transformation Was Applied to DWPCs Reported on the Connectivity Search Website
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

greenelab/connectivity-search-analyses#177 · 4 commenti · Aperta il 2/7/2024
sample id for each cell/barcode of the pooled single cell data sets
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/deconvolution_pilot#29 · Aperta il 21/5/2024
Generating Gene Network based on a list of genes
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/adage-frontend#239 · Aperta il 6/5/2024
Manual override of citation dates with sources.yaml
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 52/100

greenelab/lab-website-template-docs#1 · Aperta il 31/12/2023
why highly variable genes?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

greenelab/buddi_analysis#11 · Aperta il 22/12/2023
Gene identifier mapping
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

greenelab/buddi_analysis#10 · Aperta il 20/12/2023
Documentation for CIBERSORTx Input Generation
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

greenelab/buddi_analysis#9 · Aperta il 20/12/2023
Scanpy library's read_10x_mtx
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

greenelab/buddi_analysis#8 · Aperta il 20/12/2023
Why we have both pseudobulk and real bulk data?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/buddi_analysis#7 · Aperta il 20/12/2023
Why Writing out data to use in CIBERSORTx?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 25/100

greenelab/buddi_analysis#6 · Aperta il 20/12/2023
scanpy ImportError
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 25/100

greenelab/buddi_analysis#5 · Aperta il 20/12/2023
error installing BuDDI
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/buddi_analysis#4 · Aperta il 20/12/2023
code redundancy cell 26
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

greenelab/buddi_analysis#3 · Aperta il 14/12/2023
ID types in repo
Forse di nuovo libera @nrosed l’ha presa 1095 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement

greenelab/hgsc_rnaseq_cluster#2 · 1 assegnatario · Aperta il 1/11/2023
where is model?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/BioBombe#195 · Aperta il 2/10/2023
2023/08: Tasks and notes for resubmission
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

greenelab/phenoplier_manuscript#80 · Aperta il 3/8/2023
New Paper (Diagnostic): Comparison of the analytical and clinical sensitivity of thirty-four rapid antigen tests with the most prevalent SARS-CoV-2 variants of concern during the COVID-19 pandemic in the UK
Aperta
- Qualcosa non va?
biostatistics diagnostic New Paper Pre-print

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/covid19-review#1211 · Aperta il 28/7/2023
Post-publication figure problems in the GigaScience HTML article
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/connectivity-search-manuscript#56 · Aperta il 28/7/2023
fit_model needs to allow for use of full training set
Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

greenelab/sc_bulk_ood#14 · Aperta il 19/7/2023
BuDDI as a package
Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

greenelab/sc_bulk_ood#13 · Aperta il 18/7/2023
Can you upload single cell metadata as well?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

greenelab/deconvolution_pilot#27 · 1 commento · Aperta il 9/7/2023
ClinicalTrials.gov website updates
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/covid19-review#1210 · 8 commenti · Aperta il 28/6/2023
rowNorm
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/multi-plier#73 · Aperta il 22/5/2023
When I generate a model using MT-gene, Na appears, how do I modify it？
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/miQC#10 · 1 commento · Aperta il 13/5/2023
Update with published paper links
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

greenelab/RNAseq_titration_results#151 · Aperta il 8/3/2023
New Paper (Diagnostic): Real-world performance of SARS-Cov-2 serology tests in the United States, 2020
Aperta
- Qualcosa non va?
diagnostic epidemiology New Paper New Peer-Reviewed Paper

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/covid19-review#1207 · Aperta il 6/3/2023
More modular plotting code for LASSO range scripts
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 15/100

greenelab/pancancer-evaluation#73 · Aperta il 27/2/2023
Simplify workflows once GitHub releases PR previews
Aperta
- Qualcosa non va?
enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/lab-website-template#153 · 1 commento · Aperta il 16/2/2023
Quantiles vs. linear "bins" in LASSO range box plots
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

greenelab/pancancer-evaluation#70 · Aperta il 9/2/2023

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