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Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

• Ruby incompatibility with `ubuntu-latest`

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100

  greenelab/lab-website-template#357 · 1 comentario · Abierto el 30/10/2026

• Add ancestry principal components as eQTL covariates (journal version)

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#32 · 2 comentarios · Abierto el 1/10/2026

• Retest the cis-eQTLs with tensorQTL: precise p-values and covariates on genotype too (journal version)

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#31 · Abierto el 1/10/2026

• Remove inline reviewer comments before submission

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#29 · 3 comentarios · Abierto el 1/10/2026

• Permutation test: rerun with more shuffles for borderline genes (ABCC13 q = 0.061)

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#23 · 1 comentario · Abierto el 1/10/2026

• Remove or resolve placeholder text that shows in the rendered manuscript

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#19 · 6 comentarios · Abierto el 25/9/2026

• Identify and add full results tables as supplement

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  greenelab/T21-cis-eqtl-Chr21-regulation-manuscript#7 · 3 comentarios · Abierto el 15/9/2026

• Agentic Programming and Review

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  greenelab/onboarding#40 · 1 comentario · Abierto el 28/8/2026

• Reusable holdouts to ensure Tranches test generalization

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  greenelab/fm-pm-eval-manuscript#5 · 1 comentario · Abierto el 30/6/2026

• Guiding question: do biomedical foundation and world models generalize OOD well enough for personalized medicine?

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  greenelab/fm-pm-eval-manuscript#4 · Abierto el 26/6/2026

• Split tranches by cancer types

  Quizá libre de nuevo @lagillenwater la tomó hace 126 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  greenelab/fm-pm-eval-manuscript#3 · 1 asignado · Abierto el 26/6/2026

• Access to full trained PLIER model

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  greenelab/mousiplier#27 · 4 comentarios · Abierto el 6/5/2025

• Automatically generated DOI's for blog posts

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  enhancement

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  greenelab/lab-website-template#317 · 5 comentarios · Abierto el 11/4/2025

• Parallelized processes

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  greenelab/pubtator#34 · 1 comentario · Abierto el 4/4/2025

• What is the `NamePrism.h5` file refered to in this repo? Is it the model of CIKM 2017 paper?

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

  greenelab/wiki-nationality-estimate#22 · Abierto el 13/3/2025

• Investigate removing "write + read" permissions from docs

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  documentation enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  greenelab/lab-website-template#292 · 1 comentario · Abierto el 10/12/2024

• Wrong name of filter parameter

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  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 85/100

  greenelab/lab-website-template-docs#4 · Abierto el 26/11/2024

• plotMetrics and mixtureModel functions do not accept different column names for data

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  greenelab/miQC#12 · 1 comentario · Abierto el 10/10/2024

• Processing does not stop when pressing Ctrl-C

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  greenelab/ccc#38 · 1 comentario · Abierto el 19/9/2024

• Redesign template from ground up, with new framework

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  enhancement question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  greenelab/lab-website-template#278 · 9 reacciones · Abierto el 3/9/2024

• Inverse Hyperbolic Sin Transformation Was Applied on DWPCs Reported in Connectivity Search Website

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  greenelab/connectivity-search-frontend#170 · Abierto el 2/7/2024

• Inverse Hyperbolic Sine Transformation Was Applied to DWPCs Reported on the Connectivity Search Website

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  greenelab/connectivity-search-analyses#177 · 4 comentarios · Abierto el 2/7/2024

• sample id for each cell/barcode of the pooled single cell data sets

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  greenelab/deconvolution_pilot#29 · Abierto el 21/5/2024

• Generating Gene Network based on a list of genes

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  greenelab/adage-frontend#239 · Abierto el 6/5/2024

• Manual override of citation dates with sources.yaml

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  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 52/100

  greenelab/lab-website-template-docs#1 · Abierto el 31/12/2023

• why highly variable genes?

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  greenelab/buddi_analysis#11 · Abierto el 22/12/2023

• Gene identifier mapping

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  greenelab/buddi_analysis#10 · Abierto el 20/12/2023

• Documentation for CIBERSORTx Input Generation

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  greenelab/buddi_analysis#9 · Abierto el 20/12/2023

• Scanpy library's read_10x_mtx

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  greenelab/buddi_analysis#8 · Abierto el 20/12/2023

• Why we have both pseudobulk and real bulk data?

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  greenelab/buddi_analysis#7 · Abierto el 20/12/2023

• Why Writing out data to use in CIBERSORTx?

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  greenelab/buddi_analysis#6 · Abierto el 20/12/2023

• scanpy ImportError

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  greenelab/buddi_analysis#5 · Abierto el 20/12/2023

• error installing BuDDI

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  greenelab/buddi_analysis#4 · Abierto el 20/12/2023

• code redundancy cell 26

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  greenelab/buddi_analysis#3 · Abierto el 14/12/2023

• ID types in repo

  Quizá libre de nuevo @nrosed la tomó hace 1094 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  enhancement

  greenelab/hgsc_rnaseq_cluster#2 · 1 asignado · Abierto el 1/11/2023

• where is model?

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  greenelab/BioBombe#195 · Abierto el 2/10/2023

• 2023/08: Tasks and notes for resubmission

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  greenelab/phenoplier_manuscript#80 · Abierto el 3/8/2023

• New Paper (Diagnostic): Comparison of the analytical and clinical sensitivity of thirty-four rapid antigen tests with the most prevalent SARS-CoV-2 variants of concern during the COVID-19 pandemic in the UK

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  biostatistics diagnostic New Paper Pre-print

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

  greenelab/covid19-review#1211 · Abierto el 28/7/2023

• Post-publication figure problems in the GigaScience HTML article

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  greenelab/connectivity-search-manuscript#56 · Abierto el 28/7/2023

• fit_model needs to allow for use of full training set

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  enhancement

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  greenelab/sc_bulk_ood#14 · Abierto el 19/7/2023

• BuDDI as a package

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  enhancement

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

  greenelab/sc_bulk_ood#13 · Abierto el 18/7/2023

• Can you upload single cell metadata as well?

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  greenelab/deconvolution_pilot#27 · 1 comentario · Abierto el 9/7/2023

• ClinicalTrials.gov website updates

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  greenelab/covid19-review#1210 · 8 comentarios · Abierto el 28/6/2023

• rowNorm

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  greenelab/multi-plier#73 · Abierto el 22/5/2023

• When I generate a model using MT-gene, Na appears, how do I modify it？

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  greenelab/miQC#10 · 1 comentario · Abierto el 13/5/2023

• Update with published paper links

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  greenelab/RNAseq_titration_results#151 · Abierto el 8/3/2023

• New Paper (Diagnostic): Real-world performance of SARS-Cov-2 serology tests in the United States, 2020

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  diagnostic epidemiology New Paper New Peer-Reviewed Paper

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  greenelab/covid19-review#1207 · Abierto el 6/3/2023

• More modular plotting code for LASSO range scripts

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  greenelab/pancancer-evaluation#73 · Abierto el 27/2/2023

• Simplify workflows once GitHub releases PR previews

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  enhancement

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  greenelab/lab-website-template#153 · 1 comentario · Abierto el 16/2/2023

• Quantiles vs. linear "bins" in LASSO range box plots

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  greenelab/pancancer-evaluation#70 · Abierto el 9/2/2023