gi2taxonomy seems outdated
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia ispezionando lo strumento Python gi2taxonomy, in particolare GI2TAX, NAME_FILE e NODE_FILE, e confronta la sua dipendenza package_taxonomy_1_0_0 con data_manager_fetch_ncbi_taxonomy. Determina se i dati o la cronologia dello strumento possono fornire GI2TAX e se questi ultimi dati possono essere forniti dal data manager; il lavoro è considerato completato quando un’implementazione concordata supporta la mappatura taxid/ID prevista o la semplificazione proposta.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The tool depends on package_taxonomy_1_0_0 which seems to be replaced by data_manager_fetch_ncbi_taxonomy.
Furthermore the data for the tool data is hard coded in the python file: see GI2TAX, NAME_FILE, NODE_FILE. It would be nice if
- GI2tax could be taken from tool data of gi2taxonomy or the history and
- the latter two somehow provided by the data_manager_fetch_ncbi_taxonomy.
This would be nice because the tool could then map arbitrary IDs (e.g. uniprot ids) to the taxonomy, given a mapping from the IDs to NCBI taxids.
One could also thing about to simplify the tool such that it creates the table only from the taxids and the mapping from the gi (or other ids) could be done with other tools (e.g. join).
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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