Generate pileup from BAM dataset - tool output tabular format, not pileup
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, tooling
Direzione di ricerca
Identifica lo strumento Galaxy che genera un pileup da un dataset BAM, quindi traccia l’assegnazione del formato di output e il percorso di conversione da dati tabellari a pileup. Esamina il problema correlato ai metadati e alla modifica degli attributi e conferma che lo strumento assegni correttamente l’output pileup senza richiedere il rilevamento automatico da parte della UI.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
This has been very confusing for users. Could we modify the tool so that pileup is assigned?
BTW- when converting tabular to pileup, the UI consistantly produces a metadata error that requires "auto-detect" to correct. This is another hurdle for users. Tabular replaced pileup format assignment a while ago (tool used to output pileup results by default).
Possibly related to pileup format metadata/edit attributes issue here: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/issues/329
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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