Modify Bowtie2 DM so that it will not create duplicates when "Include Tophat2" is used
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Iniziate dalla directory referenziata data_managers/data_manager_bowtie2_index_builder e tracciate come vengono gestiti gli indici Bowtie2 e Tophat2 quando Bowtie2 esiste già. Confermate il comportamento previsto sia per gli indici Bowtie2 creati da DM sia per quelli già esistenti, quindi verificate che l’utilizzo di “Include Tophat2” non crei un indice Bowtie2 duplicato continuando comunque a fornire l’indice Tophat2.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
If a Bowtie2 index already exists, and a Tophat2 index is needed, the only DM available is the one above.
Issue If Bowtie2 indexes already exists, a duplicate index is created.
Suggested Solutions Create a Tophat2 stand-alone DM - or better - modify the existing Bowtie DM to not create a duplicate Bowtie2 index if it already exists (whether it was created by a DM or by other means). Maybe add a small note to the DM to state that only Tophat2 indexes will be created (aka linked in) if Bowtie2 already exist. Would make usage less confusing by community.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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