Kraken Data Table Definition is improper
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Specificata chiaramente
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- xml
- Ambito
- tooling
Direzione di ricerca
Inizia con tool_collections/kraken/tool_data_table_conf.xml.sample e il suo utilizzo in tool_collections/kraken/kraken/kraken.xml, quindi confronta le definizioni con il comportamento di KRAKEN_DB_PATH descritto nel manuale di Kraken. Aggiorna la tabella dei dati in modo che path identifichi il database di Kraken e name sia una descrizione leggibile da una persona che consenta i caratteri descritti nell’issue; il lavoro è completo quando lo strumento utilizza le voci corrette della tabella.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
See: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/blob/master/tool_collections/kraken/tool_data_table_conf.xml.sample
and usage in https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/blob/master/tool_collections/kraken/kraken/kraken.xml
bacteria_greengenes_rdp Bacteria_GreenGenes_RDP /path/to/data/kraken_database/bacteria_greengenes_rdp
Here, we have 3 columns defined value, name, path, where value is only ever used internally in Galaxy (good for value), but the name and path must correspond to actual directories on disk, where path is a subdir of name.
The name should actually be a better human readable description/name (able to include any printable character).
A quick glance at http://ccb.jhu.edu/software/kraken/MANUAL.html, indicates that we shouldn't even need to use path for the env var $KRAKEN_DB_PATH that is currently being done:
Note that the KRAKEN_DB_PATH directory list can be skipped by the use of any absolute (beginning with /) or relative pathname (including at least one /) as the database name.
path should be the path to the kraken db (including at least one /, so the current directory setup is fine), and name should be a human readable description that can include all kinds of characters (spaces, question marks, parenthesis, etc).
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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