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Readgroup assigment in bwa, bwa-mem, and bowtie2 and possible other tools does not set SM tag

Aperta
  • Qualcosa non va?
#270 3 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia ispezionando il comportamento dell’assegnazione dei read group per gli strumenti bwa, bwa-mem e bowtie2 quando è selezionata l’assegnazione automatica degli ID. Verifica che i read group generati includano il tag SM richiesto e confronta il risultato con il problema downstream di Picard descritto nel report.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug

Setting read groups (when “automatically assign ID” is selected) does not assign SM tag, which is a requirement. This causes downstream issues with Picard etc.

Lingua principale
Python
Stelle
37
Fork
94
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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