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[Code scan] Make mhcustom honor burn-in state and nsamples

Aperta Adatta ai principianti
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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
88/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python

Direzione di ricerca

Apri dftio/dep/_xitorch/_impls/integrate/mcsamples/mcmc.py intorno alle righe 76-77 e segui le chiamate di burn-in e campionamento. Riproduci il problema con custom_step=lambda x: x + 1, x0=0, nsamples=3 e nburnout=2. Il lavoro è completato quando la catena restituita contiene nsamples elementi e inizia dallo stato dopo il burn-in.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

This issue comes from a Codex global repository scan.

Problem

The vendored MCMC custom sampler computes a post-burn-in state, then discards it and collects the wrong number of samples:

https://github.com/deepmodeling/dftio/blob/c9d128f24a74ef2911e1a28f5640357488beb196/dftio/dep/_xitorch/_impls/integrate/mcsamples/mcmc.py#L76-L77

It calls _mhcustom_sample(..., x0, ..., nburnout, ..., True) instead of starting from x and collecting nsamples. Whenever nsamples != nburnout, the returned chain has the wrong length and starts from the unburned initial state.

Reproduction

Use custom_step=lambda x: x + 1, x0=0, nsamples=3, and nburnout=2; the current output has length 2 and starts at [0, 1].

Suggested fix

Collect from the burned-in state and use nsamples:

xsamples = _mhcustom_sample(logpfcn, x, pparams, nsamples, custom_step, True)
Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
16
Fork
14
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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