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Potential bug in `to_ibl.py` raw data metrics PSD calculation

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
65/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
numpy, python
Ambito
backend, data

Direzione di ricerca

Start with src/spikeinterface/exporters/to_ibl.py at the PSD calculation around line 219, and trace how randomly sampled LFP chunks are passed to Welch. Check the relevant exporter tests and how they validate PSD metrics. Done when the PSD is computed from consecutive samples and a regression test covers the result.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Currently in to_ibl.py the PSD computation for LFP is computed as:

lfp_sample_data = get_random_data_chunks(
    lfp_recording,
    num_chunks_per_segment=psd_num_chunks,
    chunk_duration=f"{psd_chunk_duration_s}s",
    return_in_uV=True,
    concatenated=True,
)
psd = np.zeros((welch_win_length_samples // 2 + 1, lfp_sample_data.shape[1]), dtype=np.float32)
for i_channel in range(lfp_sample_data.shape[1]):
    freqs, Pxx = welch(
        lfp_sample_data[:, i_channel],
        fs=lfp_recording.sampling_frequency,
        nperseg=welch_win_length_samples,
    )
    psd[:, i_channel] = Pxx

Here the randomly sampled chunks of 1s (30k samples) which are concatenated then passed to Welch with chunk size 16384. This then computes the PSD with 50% overlap by default. However, this takes the PSD computation over randomly sampled chunks which are not-consecutive, giving erroneous PSD estimate.

Lingua principale
Python
Stelle
866
Fork
285
Merge medio
2g 13h
PR unite (30g)
49

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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