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Tridesclous error when running on a Windows 11 fresh install: ""module 'numpy' has no attribute 'in1d'""

Aperta Adatta ai principianti
  • Qualcosa non va?
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I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
1/5
Tempo stimato
Meno di un'ora
Idoneità per principianti
85/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
numpy, python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Il traceback indica tridesclous/pruningshears.py, in explore_split_loop, dove np.in1d genera un AttributeError. Leggi quella funzione e controlla se ci sono altri usi interessati, poi esegui i test pertinenti di Tridesclous; il lavoro è concluso quando l’errore segnalato non si verifica più con la versione installata di NumPy.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hi, I've been testing a range of sorters with a fresh install on Windows 11 and here is bugs that happens with Tridesclous:

"module 'numpy' has no attribute 'in1d'"

I think due to the fact that it is using a deprecated numpy function ( in1d instead of isin, see https://numpy.org/doc/2.2/reference/generated/numpy.in1d.html) in explore_split_loop`.

Here's the latest lines of the error:

labels = pruningshears.do_the_job()
File "C:\Users\eleonord.conda\envs\spint\Lib\site-packages\tridesclous\pruningshears.py", line 135, in do_the_job
cluster_labels = self.explore_split_loop()
File "C:\Users\eleonord.conda\envs\spint\Lib\site-packages\tridesclous\pruningshears.py", line 697, in explore_split_loop
ind_trash_label = ind_l0[np.in1d(labels_l0, bad_labels)]
^^^^^^^
File "C:\Users\eleonord.conda\envs\spint\Lib\site-packages\numpy_init_.py", line 769, in getattr
raise AttributeError(f"module {name!r} has no attribute {attr!r}")
AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'in1d'. Did you mean: 'int16'?

This happens both with a toy dataset or with real data.

Solution: replacing np.in1d with np.isin in tridesclous.pruningshears seems to fix the error. Should I submit this somewhere else? Thanks!

Lingua principale
Python
Stelle
858
Fork
281
Merge medio
4g 6h
PR unite (30g)
47

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

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  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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