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State of Neuropixels support in SpikeGadgets/Trodes

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Start with read_spikegadgets_neuropixels and the device mappings in configuration.cpp:5246-5291, then compare the NP2.0 work in #441 and the corresponding Trodes source. Done means the missing variants have validated remappings backed by a real recording or XML companion fixture, rather than source-only extrapolation.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

With #441 (NP2.0 support, currently in review), read_spikegadgets_neuropixels covers three of the seven (device, deviceSubType) pairs Trodes recognises (configuration.cpp:5246-5291):

(device, deviceSubType) Status
("neuropixels1", "10") supported (NP1.0 standard)
("neuropixels2", "1_SHANK") supported via #441 (extrapolated, not yet fixture-verified)
("neuropixels2", "4_SHANK") supported via #441 (fixture-verified)
("neuropixels1", "HD") missing (NP1.0 High Density)
("neuropixels1", "NHP_SHORT") missing
("neuropixels1", "NHP_MEDIUM") missing
("neuropixels1", "NHP_LONG") missing
("neuropixelsNRIC", ...) missing (different device, separate dispatch path)

The bottleneck for the missing variants is that SpikeGadgets .rec files do not record the IMEC probe part number, so we can only resolve down to a family ((device, deviceSubType)) rather than to a specific SKU. If SpikeGadgets surfaced the part number from the probe's EEPROM the way SpikeGLX and the Open Ephys neuropixels-pxi plugin already do, several of the missing variants would land automatically as one-line dispatch entries.

In the meanwhile, we could read the Trodes source and implement similar remappings. But I would like to wait for users who have a real recording or an XML companion they can share as test data; without one I do not want to extrapolate, since each variant has enough edges to make a from-source-only implementation likely to be subtly wrong. Please leave a comment with the variant you record on and we can take it from there.

Lingua principale
Python
Stelle
86
Fork
49
Merge medio
9h 43m
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

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  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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