clean_pdb script does not successfully PDB files from RSCB on mac (M1)
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 48/100
Direzione di ricerca
Start with tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py and reproduce the documented command on macOS using a compressed 1QYS download. Inspect the zcat/gzip handling and the cleanup at line 346; done means the .pdb.gz input is processed successfully without an extra .Z suffix or a missing-file error.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am trying to run the following command:
python /path/to/rosetta.binary.m1.release-371/main/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 1QYS A
however I get the following error:
zcat: can't stat: /path/to/current/working/directory/1QYS.pdb.gz (/path/to/current/working/directory/1QYS.pdb.gz.Z): No such file or directory
I am using the most recently released binaries for Mn Macs - my specific machine is M4.
It appears that the zcat command (on mac) is attaching an extra .Z to the suffix of the PDB file.
Switching from zcat to gzip -d in the script results in the following error:
Traceback (most recent call last):
File "/path/to/rosetta.binary.m1.release-371/main/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py", line 346, in
os.unlink(file)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/path/to/current/working/directory/1QYS.pdb.gz'
The script works fine if I pre-download the file as just a .pdb, but is not working for the .pdb.gz file format.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 9
- Fork
- 4
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
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rosetta_submit.py makes a bad assumption about command line format with flags filesForse di nuovo libera @everyday847 l’ha presa 3741 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
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