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Issue with deremining reaction family under the new functionality

Aperta
  • Qualcosa non va?
#787 2 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

I maintainer di solito rispondono entro 3 giorni

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Riprodurre l’esempio usando ARCReaction, ARCSpecies e determine_family(), prima con l’insieme di famiglie predefinito e poi con rmg_family_set="all". Tracciare il KeyError per "RCH(OOH)CH2C(O)R'" e verificare che il caso di cicloaddizione si completi senza errori né crash.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Type: Bug

Describe the bug
I am trying to determine the reaction family of a reaction:

[CH2] + C=C <=> C1CC1

Which is the most basic 1,2 cycloaddition. This fails for some reason.

How to reproduce

from arc.reaction import ARCReaction
from arc.species import ARCSpecies

rxn = ARCReaction(r_species = [ARCSpecies(label="r1", smiles="[CH2]"),
                               ARCSpecies(label="r2", smiles="C=C")],
                  p_species = [ARCSpecies(label="p1", smiles="C1CC1")])
rxn.determine_family() # (output: (None, None))
rxn.determine_family(rmg_family_set="all") # fails with KeyError: "RCH(OOH)CH2C(O)R'"

Expected behavior
Not to fail or crash

Lingua principale
Python
Stelle
51
Fork
25
Merge medio
4g 17h
PR unite (30g)
3

Preparare l'ambiente

  • Include un Dockerfile o un file Docker Compose
  • Nessun modello di pull request
  • Nessuna guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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