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Issue with deremining reaction family under the new functionality

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Los mantenedores suelen responder en 1 día

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
48/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
python
Área
backend

Línea de trabajo

Reproduzca el ejemplo usando ARCReaction, ARCSpecies y determine_family(), primero con el conjunto de familias predeterminado y después con rmg_family_set="all". Rastree el KeyError para "RCH(OOH)CH2C(O)R'" y verifique que el caso de cicloadición se complete sin fallos ni bloqueos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Type: Bug

Describe the bug
I am trying to determine the reaction family of a reaction:

[CH2] + C=C <=> C1CC1

Which is the most basic 1,2 cycloaddition. This fails for some reason.

How to reproduce

from arc.reaction import ARCReaction
from arc.species import ARCSpecies

rxn = ARCReaction(r_species = [ARCSpecies(label="r1", smiles="[CH2]"),
                               ARCSpecies(label="r2", smiles="C=C")],
                  p_species = [ARCSpecies(label="p1", smiles="C1CC1")])
rxn.determine_family() # (output: (None, None))
rxn.determine_family(rmg_family_set="all") # fails with KeyError: "RCH(OOH)CH2C(O)R'"

Expected behavior
Not to fail or crash

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
51
Forks
25
Merge medio
20 h 31 min
PR fusionados (30 d)
3

Preparar el entorno

  • Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
  • Sin plantilla de pull request
  • Sin guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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