Using bruteforce torsional scans blocks up servers storange and queue
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 48/100
Direzione di ricerca
Riproduci il problema con la configurazione directed_rotors.brute_force_sp fornita su una specie con più di una torsione. Traccia il punto di ingresso per l’invio dei job di directed rotor e il modo in cui vengono gestiti la convergenza e i file generati. Il lavoro è completato quando i job brute-force sono limitati o serializzati, la convergenza viene verificata e i file non necessari non riempiono la coda né la quota disco.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Describe the bug
When running directed rotor jobs with the brute force (opt & sp) keywords, arc submits all jobs at once, and not checking convergence. This leads to issues with the queue getting over-filled, (which leads to jobs not running, and in general impolite towards other users), and (since jobs are not checked and deleted), the files generated by one job is enough to reach disk quota.
How to reproduce
Run jobs with any lot and with species with > 1 torsions:
species:
- label: your spc
smiles: your spc
directed_rotors:
brute_force_sp:
- - all
Expected behavior
Either define how many jobs can run simultaneously, or run them one by one.1
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 51
- Fork
- 25
- Merge medio
- 4g 17h
- PR unite (30g)
- 3
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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