Using bruteforce torsional scans blocks up servers storange and queue
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
Línea de trabajo
Reproduce el problema con la configuración directed_rotors.brute_force_sp proporcionada en una especie con más de una torsión. Rastrea el punto de entrada del envío de trabajos de directed rotor y cómo se gestionan la convergencia y los archivos generados. La tarea estará terminada cuando los trabajos de fuerza bruta estén limitados o serializados, se compruebe la convergencia y los archivos innecesarios no llenen la cola ni la cuota de disco.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Describe the bug
When running directed rotor jobs with the brute force (opt & sp) keywords, arc submits all jobs at once, and not checking convergence. This leads to issues with the queue getting over-filled, (which leads to jobs not running, and in general impolite towards other users), and (since jobs are not checked and deleted), the files generated by one job is enough to reach disk quota.
How to reproduce
Run jobs with any lot and with species with > 1 torsions:
species:
- label: your spc
smiles: your spc
directed_rotors:
brute_force_sp:
- - all
Expected behavior
Either define how many jobs can run simultaneously, or run them one by one.1
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 51
- Forks
- 25
- Merge medio
- 4 d 17 h
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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