Updating to 6.6.0 XTB

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
tooling

Direzione di ricerca

Individua il codice che genera l’input mol.sdf e riproduci il problema segnalato con xtb 6.6.0. Confronta la tabella delle connessioni generata con il formato accettato da quella versione; completato quando il calcolo raggiunge normal termination mantenendo la compatibilità con il workflow esistente.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Type: Feature

Currently we use xtb 6.3.3

If we are to update to 6.6.0 we need to modify our mol.sdf files into the correct format for xtb 6.6.0 to calculate and return normal termination

Here is an example mol.sdf file that works on 6.3.3

     RDKit          3D

 10  9  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    1.1517   -0.3760   -0.5231 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2893    0.4500    0.3115 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1415   -0.0561    0.2592 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.1386   -1.3376   -0.1854 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1151   -0.0555   -0.4352 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6517    0.4342    1.3447 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3279    1.4855   -0.0414 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.2133   -1.0839    0.6308 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7870    0.5726    0.8809 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.5327   -0.0332   -0.7636 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  1  4  1  0
  1  5  1  0
  2  3  1  0
  2  6  1  0
  2  7  1  0
  3  8  1  0
  3  9  1  0
  3 10  1  0
M  END
$$$$

However, this will not run on xtb 6.6.0

########################################################################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-2- reading geometry input 'mol.sdf' failed
-1- Error: Cannot read topology from connection table
  --> mol.sdf:15:13-15
   |
15 |   1  2  1  0
   |             ^^^ unexpected value
   |
########################################################################
abnormal termination of xtb
ERROR STOP
Lingua principale
Python
Stelle
52
Fork
25
Merge medio
2g 3h
PR unite (30g)
1

Preparare l'ambiente

  • Include un Dockerfile o un file Docker Compose
  • Nessun modello di pull request
  • Nessuna guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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