Updating to 6.6.0 XTB

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
48/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
python
Área
tooling

Línea de trabajo

Localiza el código que genera la entrada mol.sdf y reproduce el fallo indicado con xtb 6.6.0. Compara la tabla de conexiones generada con el formato aceptado por esa versión; se considerará completado cuando el cálculo alcance normal termination manteniendo la compatibilidad con el workflow existente.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Type: Feature

Currently we use xtb 6.3.3

If we are to update to 6.6.0 we need to modify our mol.sdf files into the correct format for xtb 6.6.0 to calculate and return normal termination

Here is an example mol.sdf file that works on 6.3.3

     RDKit          3D

 10  9  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    1.1517   -0.3760   -0.5231 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2893    0.4500    0.3115 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1415   -0.0561    0.2592 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.1386   -1.3376   -0.1854 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1151   -0.0555   -0.4352 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6517    0.4342    1.3447 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3279    1.4855   -0.0414 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.2133   -1.0839    0.6308 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7870    0.5726    0.8809 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.5327   -0.0332   -0.7636 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  1  4  1  0
  1  5  1  0
  2  3  1  0
  2  6  1  0
  2  7  1  0
  3  8  1  0
  3  9  1  0
  3 10  1  0
M  END
$$$$

However, this will not run on xtb 6.6.0

########################################################################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-2- reading geometry input 'mol.sdf' failed
-1- Error: Cannot read topology from connection table
  --> mol.sdf:15:13-15
   |
15 |   1  2  1  0
   |             ^^^ unexpected value
   |
########################################################################
abnormal termination of xtb
ERROR STOP
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
52
Forks
25
Merge medio
2 d 3 h
PR fusionados (30 d)
1

Preparar el entorno

  • Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
  • Sin plantilla de pull request
  • Sin guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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