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how to speed up the process of `getvar`

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
28/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data, performance

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo il confronto dei tempi riportato nell’issue con Python, wrf.getvar, netCDF4 e le variabili indicate SINALPHA, COSALPHA e uvmet_wspd_wdir. Traccia il punto di ingresso getvar e confronta la gestione di ALL_TIMES e delle diagnostiche derivate con le letture dirette; il lavoro è completato quando viene identificato il collo di bottiglia e viene dimostrato un approccio più veloce senza modificare i risultati.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I found that using wrf.getvar to get variables is quite slow.
For example

import time
import wrf
import netCDF4 as nc
wrfout = nc.Dataset(wrfout_file)
t0 = time.time()
SINALPHA_WRF = wrf.getvar(wrfout, 'SINALPHA', timeidx=wrf.ALL_TIMES, squeeze=False)
COSALPHA_WRF = wrf.getvar(wrfout, 'COSALPHA', timeidx=wrf.ALL_TIMES, squeeze=False)
t1 = time.time()
sinalpha = wrfout['SINALPHA'][:]
cosalpha = wrfout['COSALPHA'][:]
t2 = time.time()
print(f'getvar: {t1 - t0},directly: {t2 - t1}')

In my PC, the time of getvar is about 0.084 s, and the time of directly is about 0.015 s.
To be a little more complicated, to get the wind speed and the wind direction using wrf.getvar(wrfout, 'uvmet_wspd_wdir', timeidx=wrf.ALL_TIMES, squeeze=False) would take the time about 14.596 s, while we first get ua, va, SINALPHA, COSALPHA by wrf.getvarand then using the relation between these variables to get the wspd and wdir, whose values are not significant different from the result of getvar, but it only takes 2.263 s.

So, what reason make it seems that the calculation speed of getvar is slow and how to improve it?

In my case, I want to extract some variables from wrfout and backup, e.g, most of the variables may be the shape of (4,50,300,300), and I want to save some diagnostic variables to be (4, 10, 300, 300)(interpolated on certain pressure level or height). Any suggestion to efficiently accomplish this kind of task.

wrf.__version__='1.3.2'

Lingua principale
Python
Stelle
498
Fork
178
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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