Add support for recent versions of MySQL.jl

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
julia, mysql
Ambito
databases

Direzione di ricerca

Inizia da src/DBUtils/mysql_db_utils.jl, in particolare db_query(), e confronta il suo utilizzo di MySQL.query()/MySQLHandle con l’API attuale di MySQL.jl. Esamina anche init_mysql_database() e il percorso di caricamento in src/DBUtils/DBUtils.jl e src/BioMedQuery.jl. Il lavoro è considerato completato quando BioMedQuery viene precompilato con versioni recenti di MySQL.jl e non richiede il caricamento del database di test.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Greetings!

I tried using BioMedQuery.jl for the first time today. Installation went smoothly, however, when I attempt to load the package, I run into an error during the pre-compilation step:

julia> using BioMedQuery
[ Info: Precompiling BioMedQuery [e96904bf-1073-5077-9b57-b0ce0ff5555a]
ERROR: LoadError: LoadError: LoadError: UndefVarError: MySQLHandle not defined
Stacktrace:
 [1] top-level scope at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/DBUtils/mysql_db_utils.jl:55
 [2] include(::String) at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/BioMedQuery.jl:4
 [3] top-level scope at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/DBUtils/DBUtils.jl:4
 [4] include(::String) at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/BioMedQuery.jl:4
 [5] top-level scope at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/BioMedQuery.jl:21
 [6] top-level scope at none:2
 [7] eval at ./boot.jl:331 [inlined]
in expression starting at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/DBUtils/mysql_db_utils.jl:55
in expression starting at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/DBUtils/DBUtils.jl:4
in expression starting at /home/keith/.julia/packages/BioMedQuery/Ps32f/src/BioMedQuery.jl:21
ERROR: Failed to precompile BioMedQuery [e96904bf-1073-5077-9b57-b0ce0ff5555a] to /home/keith/.julia/compiled/v1.4/BioMedQuery/I7mWp_L3y04.ji.

Looking at the code for src/DBUtils/mysql_db_utils.jl, I noticed that the function db_query() is attempting to call MySQL.query(), which doesn't appear to be in the current API for MySQL.jl.

I'm guessing that the MySQL.jl API has changed in some recent version, and that BioMedQuery.jl is still referring to the old interface? It's also possible that I am just misunderstanding something..

As a side note, I also noticed that init_mysql_database() function that gets automatically called during the initial attempt to load BioMedQuery.jl attempts to look for the "test" database. Since it is common to remove the test db after installation, it might be good to avoid this, if possible.

Thanks!

System Info

  • Arch Linux 5.6.14 (64-bit)
  • Julia 1.4.2
  • MariaDB 10.4.13

Package versions:

Lingua principale
Julia
Stelle
19
Fork
9
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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