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remove_nodes doesn't update graph_indicator on batched graphs

Aperta
  • Qualcosa non va?
#716 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

@parth-patel010 ci sta già lavorando.

Dal 27/10/2026.

  • #717 di @parth-patel010 — aperta

Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
julia
Ambito
backend

Direzione di ricerca

The issue identifies remove_nodes(g::GNNGraph{<:COO_T}, nodes_to_remove) and explains that graph_indicator retains entries for removed nodes. Read that method and compare its handling of graph_indicator with ndata; the issue suggests indexing by the kept nodes. Done means the indicator matches the remaining nodes and the batched unbatch and getgraph calls no longer raise BoundsError. An open linked pull request (#717) is already addressing this issue.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

remove_nodes doesn't update graph_indicator, so on a batched graph the result keeps the old indicator (one entry per original node). The graph looks fine when printed, but unbatch / getgraph on it then throw a BoundsError.

MWE

using GNNGraphs, MLUtils

g = MLUtils.batch([rand_graph(3, 4, ndata = rand(Float32, 2, 3)),
                   rand_graph(4, 6, ndata = rand(Float32, 2, 4))])

g2 = remove_nodes(g, [1])

g2.num_nodes        # 6
g2.graph_indicator  # [1, 1, 1, 2, 2, 2, 2]  -> still 7 entries, should be [1, 1, 2, 2, 2, 2]

MLUtils.unbatch(g2) # BoundsError: attempt to access 2×6 Matrix{Float32} at index [1:2, 4:7]
getgraph(g2, 2)     # BoundsError: attempt to access 2×6 Matrix{Float32} at index [1:2, [4, 5, 6, 7]]

Node features, edges and the node count are all updated correctly, only graph_indicator is passed through unchanged in remove_nodes(g::GNNGraph{<:COO_T}, nodes_to_remove). Since remove_nodes(g, p) calls the same method, node dropping on a batch of graphs hits this too.

I think the fix is just to index the indicator with the kept nodes (g.graph_indicator[nodes_to_keep]) like is already done for ndata.

GNNGraphs master (17d1906, 1.6.0-DEV), Julia 1.12.1

Lingua principale
Julia
Stelle
310
Fork
74
Merge medio
3g 23h
PR unite (30g)
2

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