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remove_nodes doesn't update graph_indicator on batched graphs

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@parth-patel010 ya está trabajando en esto.

Desde el 27/10/2026.

  • #717 de @parth-patel010 — abierto

Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bien especificado
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
julia
Área
backend

Línea de trabajo

The issue identifies remove_nodes(g::GNNGraph{<:COO_T}, nodes_to_remove) and explains that graph_indicator retains entries for removed nodes. Read that method and compare its handling of graph_indicator with ndata; the issue suggests indexing by the kept nodes. Done means the indicator matches the remaining nodes and the batched unbatch and getgraph calls no longer raise BoundsError. An open linked pull request (#717) is already addressing this issue.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

remove_nodes doesn't update graph_indicator, so on a batched graph the result keeps the old indicator (one entry per original node). The graph looks fine when printed, but unbatch / getgraph on it then throw a BoundsError.

MWE

using GNNGraphs, MLUtils

g = MLUtils.batch([rand_graph(3, 4, ndata = rand(Float32, 2, 3)),
                   rand_graph(4, 6, ndata = rand(Float32, 2, 4))])

g2 = remove_nodes(g, [1])

g2.num_nodes        # 6
g2.graph_indicator  # [1, 1, 1, 2, 2, 2, 2]  -> still 7 entries, should be [1, 1, 2, 2, 2, 2]

MLUtils.unbatch(g2) # BoundsError: attempt to access 2×6 Matrix{Float32} at index [1:2, 4:7]
getgraph(g2, 2)     # BoundsError: attempt to access 2×6 Matrix{Float32} at index [1:2, [4, 5, 6, 7]]

Node features, edges and the node count are all updated correctly, only graph_indicator is passed through unchanged in remove_nodes(g::GNNGraph{<:COO_T}, nodes_to_remove). Since remove_nodes(g, p) calls the same method, node dropping on a batch of graphs hits this too.

I think the fix is just to index the indicator with the kept nodes (g.graph_indicator[nodes_to_keep]) like is already done for ndata.

GNNGraphs master (17d1906, 1.6.0-DEV), Julia 1.12.1

Lenguaje dominante
Julia
Estrellas
310
Forks
74
Merge medio
3 d 23 h
PR fusionados (30 d)
2

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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