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Potential bug when using wildcard in API filter functionality

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
julia
Ambito
api, tooling

Direzione di ricerca

Inizia leggendo OpenAPI/src/json.jl e il model_WellOrInaccessibleResource.jl generato nella chiamata property_type segnalata, quindi segui il modo in cui la risposta Plate viene deserializzata in OpenAPI/src/client.jl. Riproduci la risposta wildcard, se possibile; il lavoro è completato quando una risposta che usa returning="wells.*.webURL" non fallisce più a causa della chiave resourceType mancante.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

stale

I run into an error in the code generated by OpenAPI.jl. The API I'm trying to use accepts a "returning" input string (https://docs.benchling.com/docs/getting-started-1#returning-query-parameter) which is a comma separated list of (potentially nested) return values (e.g. "a.b.c"), which can be used to limit the returning payload. This keyword accepts a wildcard to return all values at that level, but when I use the wildcard I get an error.

I don't know where to start debugging this as the code is autogenerated by OpenAPI. Moreover, the API needs authentication so it is hard to cook up a reproducible example.

Here is the auto generated code https://github.com/jonalm/BenchlingRestApi.jl

And this line https://github.com/jonalm/BenchlingRestApi.jl/blob/0294435467c1d57124d2d85956d383839fc3dd21/codegen/src/models/model_WellOrInaccessibleResource.jl#L17 errors:

ERROR: KeyError: key "resourceType" not found

The following code triggers the error

api_return, http_resp = get_plate(
    PlatesApi(client), 
    arrayspecsubplateid,
    returning="wells.*.webURL" # should limit the payload
)

ERROR: KeyError: key "resourceType" not found
Stacktrace:
  [1] getindex
    @ ./dict.jl:498 [inlined]
  [2] property_type(::Type{BioMe.Benchling.RestApi.WellOrInaccessibleResource}, name::Symbol, json::Dict{String, Any})
    @ BioMe.Benchling.RestApi ~/dev/BioMe.jl/src/Benchling/RestApi/src/models/model_WellOrInaccessibleResource.jl:17
  [3] from_json(o::BioMe.Benchling.RestApi.WellOrInaccessibleResource, name::Symbol, json::Dict{String, Any})
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:64
  [4] from_json
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:46 [inlined]
  [5] from_json
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:40 [inlined]
  [6] convert
    @ ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:712 [inlined]
  [7] setindex!(h::Dict{String, BioMe.Benchling.RestApi.WellOrInaccessibleResource}, v0::Dict{String, Any}, key::String)
    @ Base ./dict.jl:376
  [8] Dict{String, BioMe.Benchling.RestApi.WellOrInaccessibleResource}(kv::Dict{String, Any})
    @ Base ./dict.jl:84
  [9] convert
    @ Base ./abstractdict.jl:568 [inlined]
 [10] from_json
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:41 [inlined]
 [11] from_json(::Type{Union{Nothing, Dict{…}}}, json::Dict{String, Any})
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:39
 [12] from_json(o::BioMe.Benchling.RestApi.Plate, name::Symbol, json::Dict{String, Any})
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:65
 [13] from_json(o::BioMe.Benchling.RestApi.Plate, json::Dict{String, Any})
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:58
 [14] from_json(o::T, json::Dict{String, Any}) where T<:OpenAPI.APIModel
    @ OpenAPI ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/json.jl:40 [inlined]
 [15] response
    @ ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:422 [inlined]
 [16] response(::Type{BioMe.Benchling.RestApi.Plate}, is_json::Bool, body::Vector{UInt8})
    @ OpenAPI.Clients ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:411
 [17] response(::Type{BioMe.Benchling.RestApi.Plate}, resp::Downloads.Response, body::Vector{UInt8})
    @ OpenAPI.Clients ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:406
 [18] exec(ctx::OpenAPI.Clients.Ctx, stream_to::Nothing)
    @ OpenAPI.Clients ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:628
 [19] exec
    @ OpenAPI.Clients ~/.julia/packages/OpenAPI/p5UeR/src/client.jl:608 [inlined]
 [20] #get_plate#1549
    @ BioMe.Benchling.RestApi ~/dev/BioMe.jl/src/Benchling/RestApi/src/apis/api_PlatesApi.jl:143 [inlined]
 [21] top-level scope
    @ ~/dev/BioMe.jl/scratch/scratch3.jl:77
Some type information was truncated. Use `show(err)` to see complete types.
Lingua principale
Julia
Stelle
56
Fork
16
Merge medio
1g 51m
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