DiamondLightSource/Savu

Tomography Reconstructon Pipeline

Stelle: 43
Fork: 42
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 105

Lingua principale: Python
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 18/8/2022
Ultima indicizzazione: 15/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: help wanted
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Problem to install Savu inside a Singularity container Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

DiamondLightSource/Savu#939 · Aperta il 20/12/2023
Issue when using savu_mpijob_local.sh Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

DiamondLightSource/Savu#938 · Aperta il 9/8/2023
Incorrect dtype in data_full_ring_GH in tomobar_recon_3D_tools.py Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 68/100

DiamondLightSource/Savu#937 · Aperta il 7/8/2023
version of python and numpy Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

DiamondLightSource/Savu#868 · 2 commenti · Aperta il 19/11/2021
Flake8 output on Savu's py37 repo Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

DiamondLightSource/Savu#692 · 1 commento · Aperta il 9/12/2020
Runtime error when running Savu Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

DiamondLightSource/Savu#643 · 12 commenti · Aperta il 13/2/2020
raw data isn't linked correctly in output dataset Aperta

bug low priority

DiamondLightSource/Savu#594 · 1 assegnatario · Aperta il 24/9/2019
Savu automated data cropping/trimming plugin Aperta

in progress

DiamondLightSource/Savu#571 · 1 assegnatario · Aperta il 27/6/2019
Report error if users forgot to set "cor" Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

DiamondLightSource/Savu#565 · Aperta il 18/4/2019
Return an error message if using TiffSaver for >=4D dataset Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

DiamondLightSource/Savu#564 · Aperta il 18/4/2019
Incompatible PyMca changes Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

DiamondLightSource/Savu#563 · Aperta il 12/4/2019
Create install/master_install Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

DiamondLightSource/Savu#560 · Aperta il 29/3/2019
you cannot modify GPU configs on machines without a GPU Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

DiamondLightSource/Savu#559 · Aperta il 8/3/2019
HDF5 1.10.5 is out with proper OpenMPI support... Aperta

in progress

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

DiamondLightSource/Savu#558 · 3 commenti · Aperta il 6/3/2019
Savu config should not require a plugin to be executable to add it to a process list Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

DiamondLightSource/Savu#557 · Aperta il 22/2/2019
Make it obvious when plugins have missing dependencies Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

DiamondLightSource/Savu#553 · Aperta il 15/2/2019
Complex numbers not handled Aperta

DiamondLightSource/Savu#526 · 1 assegnatario · Aperta il 17/9/2018
Fix 'savu' in path issue when using Hdf5TemplateLoader Aperta

DiamondLightSource/Savu#515 · 1 assegnatario · Aperta il 4/7/2018
Add method to get subset of axis labels for each run or process frames Aperta

enhancement

DiamondLightSource/Savu#505 · 1 assegnatario · Aperta il 2/5/2018
Look into patterns and subpatterns Aperta

DiamondLightSource/Savu#496 · 1 assegnatario · Aperta il 6/4/2018
Rather than choosing to 'keep' raw data after a plugin see if a future plugin requires it Aperta

DiamondLightSource/Savu#495 · 1 assegnatario · Aperta il 5/4/2018
Write a plugin template that shows all the parameter options available Aperta

DiamondLightSource/Savu#494 · 1 assegnatario · Aperta il 23/3/2018
Delete output data created in tests Aperta

DiamondLightSource/Savu#484 · 1 assegnatario · Aperta il 19/2/2018
Miss-matched data and centre of rotation dimensions in reconstruction Aperta

bug

DiamondLightSource/Savu#482 · 1 assegnatario · Aperta il 1/2/2018
Remove conda info pipeline in installer? Aperta

DiamondLightSource/Savu#479 · 1 assegnatario · Aperta il 18/1/2018
Data stepping very slow Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#467 · 1 assegnatario · Aperta il 12/12/2017
Check hdf5 saver in transport classes Aperta

DiamondLightSource/Savu#454 · 1 assegnatario · Aperta il 9/11/2017
Investigate h5py file close error when using random_hdf5_loader Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#430 · 1 assegnatario · Aperta il 19/5/2017
Add ITK plugin Aperta

DiamondLightSource/Savu#428 · 1 assegnatario · Aperta il 18/5/2017
Add timing information around data get and set and log warnings Aperta

DiamondLightSource/Savu#420 · 1 assegnatario · Aperta il 9/5/2017
Run savu from /dls/tmp? to avoid eqw when submitting from local folder Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#419 · 1 assegnatario · Aperta il 9/5/2017
Implement get_padded_shape and set_padded_shape in plugin_data class Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#414 · 1 assegnatario · Aperta il 4/5/2017
Implement Kaz's float to int conversion scripts as a plugin Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#411 · 1 assegnatario · Aperta il 3/5/2017
Create command line tool to copy hdf5 tree and 'fake' data Aperta

DiamondLightSource/Savu#405 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 28/4/2017
Change output folder name when using a dummy input file Aperta

DiamondLightSource/Savu#403 · 1 assegnatario · Aperta il 27/4/2017
Allow a separate dark OR flat in the nxtomo_loader Aperta

DiamondLightSource/Savu#400 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 27/4/2017
Extend random 3d tomo loader to output to a nexus file that can be reloaded by nxtomo_loader Aperta

DiamondLightSource/Savu#398 · 1 assegnatario · Aperta il 26/4/2017
Add option to request stats are applied to a previous plugin from within a later plugin Aperta

ready

DiamondLightSource/Savu#397 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 26/4/2017
Create a stats class to use during a plugin (when data is returning) on request Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

DiamondLightSource/Savu#396 · 1 commento · Aperta il 26/4/2017
Add tests for random loader plugins Aperta

DiamondLightSource/Savu#395 · 1 assegnatario · Aperta il 26/4/2017
Investigate reducing the logging content with -q Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

DiamondLightSource/Savu#393 · Aperta il 6/4/2017
Create process list for auto-reconstruction and upload to ISPyB Aperta

DiamondLightSource/Savu#378 · 1 assegnatario · Aperta il 10/1/2017
Create a run folder for log files that are moved to temporary location Aperta

enhancement

DiamondLightSource/Savu#374 · 1 assegnatario · Aperta il 10/1/2017
Provide time analysis of plugins and run Aperta

enhancement

DiamondLightSource/Savu#372 · 1 assegnatario · Aperta il 10/1/2017
Add option to pass array of variable COR values as plugin parameter to reconstruction Aperta

DiamondLightSource/Savu#371 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 5/1/2017
Segfault from multiframes reconstruction Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

DiamondLightSource/Savu#370 · 2 commenti · Aperta il 4/1/2017
Amend Jenkins build to install savu via conda cloud with facilities flag set to dls Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

DiamondLightSource/Savu#367 · Aperta il 22/11/2016
config to give useful stack trace Aperta

enhancement

DiamondLightSource/Savu#361 · 1 assegnatario · Aperta il 28/10/2016
Add separate scale value for darks and flats in loader (even for image key data) Aperta

DiamondLightSource/Savu#360 · 1 assegnatario · Aperta il 27/10/2016
Add CONTRIBUTING.md Aperta

DiamondLightSource/Savu#358 · 1 assegnatario · Aperta il 24/10/2016

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