Questions regarding multithreading
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- c
- Ambito
- bioinformatics, hpc, performance
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso di smartpca e dal file dei parametri fornito, in particolare numthreads: 8, quindi confronta il suo comportamento di threading con le otto CPU richieste tramite Slurm. L’issue non indica alcun file sorgente né alcun test; il lavoro sarebbe completato con una spiegazione chiara del comportamento su un singolo processore oppure con una correzione riproducibile dell’allocazione del multithreading.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello,
I am currently running smartpca on a HPC using slurm.
smartpca version is 18140, and I use the following parameter file.
altnormstype: NO
numoutevec: 20
numoutlieriter: 0
numoutlierevec: 0
outliersigmathresh: 6.0
numthreads: 8
qtmode: 0
lsqproject: YES
I am not used to multithreading and running jobs in parallel.
I wanted to run threads in parallel, so I tried assigning 8 cpu per job, however when I login the computing nodes, only one processor is working per job, even though the log files say the job will work on 8 threads.
Is there another option to assign each thread to a cpu, or is it blocked somehow by my options?
Thank you in advance.
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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