Smartpca memory error
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- c
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia dal punto di ingresso di smartpca e dal file dei parametri utilizzato dal comando segnalato, quindi esamina il log attorno all’errore di invalid free. Riproduci con la scala di input indicata di 81,255,192 SNPs e 2,504 campioni, se i dati sono disponibili; il lavoro è completato quando viene identificata la causa del problema di memoria e viene confermata un’esecuzione che termina senza l’errore dell’allocator.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am running smartpca with 81 million mutations, 2504 samples, .snp, .ind, and .eigenstratgeno input files, and fastmode enabled.
I use the following command to run it:
smartpca -p filepath/parameter_file
After 20 hours, smartpca fails and I get the following error message in my log file:
*** Error in `smartpca': free(): invalid size: 0x00002bbd4662b010 ***
======= Backtrace: =========
...
======= Memory map: ========
...
number of samples used: 2504 number of snps used: 81255192
I am not sure what could be causing this error. Any help is appreciated!
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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