.snp file format
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- data
Direzione di ricerca
Inizia dal file collegato v54.1_1240K_public.snp e dai suoi esempi a sei colonne, quindi confrontali con il formato Eigenstrat utilizzato da questo repository. Il lavoro è concluso quando l’ordine delle colonne, inclusa l’interpretazione di REF/ALT, è confermato esplicitamente nell’issue o nella documentazione del progetto.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I wanna to understand if the v54.1_1240K_public.snp file column in Eigenstrat format represents "SNP ID","Chromosome","Position in centimorgans","Base-pair coordinate","ALT allele","REF allele"? or the last two column mean "REF allele" and "ALT allele"?
head(file):
rs3094315 1 0.020130 752566 G A
rs12124819 1 0.020242 776546 A G
rs28765502 1 0.022137 832918 T C
rs7419119 1 0.022518 842013 T G
rs950122 1 0.022720 846864 G C
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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