Unable to make bed *and* map for convertf
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo la preparazione degli input di convertf descritta nell’issue, incluso il file dei parametri generato da Perl e i passaggi plink o bcftools collegati tramite Biostars. Leggi la documentazione degli input di convertf e smartpca o i relativi punti di ingresso per determinare se sono supportati input VCF o solo bed; il lavoro è completato quando viene stabilito un percorso supportato oppure vengono documentati gli input bed/map necessari.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I’m trying to run convertf in the process of running smartpca. However, in the process of preparing files for convertf, I’m getting bizarre errors from plink and/or bcftools that are not getting any answers on online forums or GitHub: https://www.biostars.org/p/9531207/
I make the input file for convertf in perl:
my ($conv_fh, $convert_params_filename) = tempfile(DIR => '.', UNLINK => 0);
say $conv_fh "genotypename: $out_stem.bed";
say $conv_fh "snpname: $out_stem.map";
say $conv_fh "indivname: $fam_file";
say $conv_fh "outputformat: PACKEDANCESTRYMAP";
say $conv_fh "genotypeoutname: $out_stem.geno";
say $conv_fh "snpoutname: $out_stem.snp";
say $conv_fh "indivoutname: $out_stem.ind";
say $conv_fh 'familynames: NO';
but the requirement for having both a bed and a map file is really blocking me from moving on.
Is there some other way that I can run convertf with a VCF, or bed alone, as input to convertf to get the input for smartpca?
Thanks for your help
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
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