Error with smarteigenstrat.perl accepting pca output from smartpca.perl
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo il comando smarteigenstrat.perl mostrato con output.evec, output.ind e output.chiseq.par, quindi esamina come smartpca.perl produce output.evec e come smarteigenstrat.perl lo legge. Confronta il numero di voci in .evec con le informazioni sulla rimozione degli outlier nel log; il lavoro è considerato completato quando l’output della PCA viene accettato oppure l’incompatibilità e il formato di input richiesto sono documentati chiaramente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
kuretlab@Synuclein:~/Bayesian/EIG/bin$ $ ./smarteigenstrat.perl -output.geno -a output.snp -b output.ind -p output.evec -o output.chiseq -l output.log -k 10
smarteigenstrat -p output.chiseq.par >output.log
OOPS: output.evec contains too many entries
Hello,
I ran smartpca as instructed on my WGS dataset (349 individuals, 20 million SNPs). The smartpca.perl wrapper ran fine producing 10 principal components in an .evec file. However, when loading the pca file into smarteigenstrat.perl, the aforementioned error was returned. What I find interesting is that after outlier removal by smartpca, the .ind file had 349 individuals even when sigma was at default value and the log file noted the removal of outliers (around 30 individuals). Is there something I can do to fix this. Thanks in advance
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 207
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di DReichLab/EIG
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100
Tutte le issue di DReichLab/EIG
Issue simili
-
Status: Opened
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
darktable-org/darktable#22455 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
area:ci kind:gate-defect
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
InauguralSystems/EigenScript#1448 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
BasedHardware/omi#20084 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100
raspberrypi/pico-sdk#3225 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno